Toward Reproducing Sequence Trends in Phosphorus Chemical Shifts for Nucleic Acids by MD/DFT Calculations

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F13%3A00067940" target="_blank" >RIV/00216224:14740/13:00067940 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/61388963:_____/13:00392513

Výsledek na webu

<a href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct300488y?prevSearch=%255BContrib%253A%2BMunzarova%255D&searchHistoryKey=" target="_blank" >http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct300488y?prevSearch=%255BContrib%253A%2BMunzarova%255D&searchHistoryKey=</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct300488y" target="_blank" >10.1021/ct300488y</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Toward Reproducing Sequence Trends in Phosphorus Chemical Shifts for Nucleic Acids by MD/DFT Calculations

Popis výsledku v původním jazyce

This work addresses the question of the ability of the MD/DFT approach to reproduce sequence trend in 31P chemical shifts (delta_P) in the backbone of nucleic acids. delta_P for [d(CGCGAATTCGCG)]2 have been computed using DFT calculations on model compounds with geometries cut out of snapshots of classical molecular dynamics (MD) simulations. The values of 31P chemical shifts for two distinct B-DNA subfamilies BI and BII, delta_P/BI and delta_P/BII, have been determined as averages over the BI and BII subparts of the MD trajectory. This has been done for various samplings of MD trajectory and for two sizes of both the model and the solvent embedding. For all of the combinations of trajectory sampling, model size, and embedding size, sequence dependenceof delta_P/BI in the order of 0.4?0.5 ppm has been obtained.

Název v anglickém jazyce

Toward Reproducing Sequence Trends in Phosphorus Chemical Shifts for Nucleic Acids by MD/DFT Calculations

Popis výsledku anglicky

This work addresses the question of the ability of the MD/DFT approach to reproduce sequence trend in 31P chemical shifts (delta_P) in the backbone of nucleic acids. delta_P for [d(CGCGAATTCGCG)]2 have been computed using DFT calculations on model compounds with geometries cut out of snapshots of classical molecular dynamics (MD) simulations. The values of 31P chemical shifts for two distinct B-DNA subfamilies BI and BII, delta_P/BI and delta_P/BII, have been determined as averages over the BI and BII subparts of the MD trajectory. This has been done for various samplings of MD trajectory and for two sizes of both the model and the solvent embedding. For all of the combinations of trajectory sampling, model size, and embedding size, sequence dependenceof delta_P/BI in the order of 0.4?0.5 ppm has been obtained.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2013

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Chemical Theory and Computation

ISSN

1549-9618

e-ISSN

—

Svazek periodika

9

Číslo periodika v rámci svazku

3

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

16

Strana od-do

1641-1656

Kód UT WoS článku

000316168700035

EID výsledku v databázi Scopus

—