Structural dynamics of possible late-stage intermediates in folding of quadruplex DNA studied by molecular simulations

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F13%3A00069533" target="_blank" >RIV/00216224:14740/13:00069533 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/13:00422264

Výsledek na webu

<a href="http://nar.oxfordjournals.org/content/41/14/7128" target="_blank" >http://nar.oxfordjournals.org/content/41/14/7128</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt412" target="_blank" >10.1093/nar/gkt412</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Structural dynamics of possible late-stage intermediates in folding of quadruplex DNA studied by molecular simulations

Popis výsledku v původním jazyce

Explicit solvent molecular dynamics simulations have been used to complement preceding experimental and computational studies of folding of guanine quadruplexes (G-DNA). We initiate early stages of unfolding of several G-DNAs by simulating them under no-salt conditions and then try to fold them back using standard excess salt simulations. There is a significant difference between G-DNAs with all-anti parallel stranded stems and those with stems containing mixtures of syn and anti guanosines. The most natural rearrangement for all-anti stems is a vertical mutual slippage of the strands. This leads to stems with reduced numbers of tetrads during unfolding and a reduction of strand slippage during refolding. The presence of syn nucleotides prevents mutualstrand slippage; therefore, the antiparallel and hybrid quadruplexes initiate unfolding via separation of the individual strands.

Název v anglickém jazyce

Structural dynamics of possible late-stage intermediates in folding of quadruplex DNA studied by molecular simulations

Popis výsledku anglicky

Explicit solvent molecular dynamics simulations have been used to complement preceding experimental and computational studies of folding of guanine quadruplexes (G-DNA). We initiate early stages of unfolding of several G-DNAs by simulating them under no-salt conditions and then try to fold them back using standard excess salt simulations. There is a significant difference between G-DNAs with all-anti parallel stranded stems and those with stems containing mixtures of syn and anti guanosines. The most natural rearrangement for all-anti stems is a vertical mutual slippage of the strands. This leads to stems with reduced numbers of tetrads during unfolding and a reduction of strand slippage during refolding. The presence of syn nucleotides prevents mutualstrand slippage; therefore, the antiparallel and hybrid quadruplexes initiate unfolding via separation of the individual strands.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2013

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Nucleic Acids Research

ISSN

0305-1048

e-ISSN

—

Svazek periodika

41

Číslo periodika v rámci svazku

14

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

16

Strana od-do

7128-7143

Kód UT WoS článku

000323050700037

EID výsledku v databázi Scopus

—