Explaining the varied glycosidic conformational, G-tract length and sequence preferences for anti-parallel G-quadruplexes

Kód výsledku v IS VaVaI

RIV/68081707:_____/11:00365887 - isvavai.cz

Výsledek na webu

http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkr031

DOI - Digital Object Identifier

10.1093/nar/gkr031

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Explaining the varied glycosidic conformational, G-tract length and sequence preferences for anti-parallel G-quadruplexes

Popis výsledku v původním jazyce

Guanine-rich DNA sequences tend to form four-stranded G-quadruplex structures. Characteristic glycosidic conformational patterns along the G-strands, such as the 50-syn-anti-syn-anti pattern observed with the Oxytricha nova telomeric G-quadruplexes, havebeen well documented. However, an explanation for these featured glycosidic patterns has not emerged. This work presents MD simulation and free energetic analyses for simplified two-quartet [d(GG)]4 models and suggests that the four base pair step patterns show quite different relative stabilities: syn-anti>anti-anti>anti-syn->syn-syn.

Název v anglickém jazyce

Explaining the varied glycosidic conformational, G-tract length and sequence preferences for anti-parallel G-quadruplexes

Popis výsledku anglicky

Guanine-rich DNA sequences tend to form four-stranded G-quadruplex structures. Characteristic glycosidic conformational patterns along the G-strands, such as the 50-syn-anti-syn-anti pattern observed with the Oxytricha nova telomeric G-quadruplexes, havebeen well documented. However, an explanation for these featured glycosidic patterns has not emerged. This work presents MD simulation and free energetic analyses for simplified two-quartet [d(GG)]4 models and suggests that the four base pair step patterns show quite different relative stabilities: syn-anti>anti-anti>anti-syn->syn-syn.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

BO - Biofyzika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2011

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Nucleic Acids Research

ISSN

0305-1048

e-ISSN

—

Svazek periodika

39

Číslo periodika v rámci svazku

10

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

14

Strana od-do

4499-4512

Kód UT WoS článku

000291063500048

EID výsledku v databázi Scopus

—