Loss of loop adenines alters human telomere d(AG3(TTAG3)3) quadruplex folding

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F14%3A00073361" target="_blank" >RIV/00216224:14740/14:00073361 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/14:00440266

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku1245" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku1245</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku1245" target="_blank" >10.1093/nar/gku1245</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Loss of loop adenines alters human telomere d(AG3(TTAG3)3) quadruplex folding

Popis výsledku v původním jazyce

Abasic (AP) lesions are the most frequent type of damages occurring in cellular DNA. Here we describe the conformational effects of AP sites substituted for 2'-deoxyadenosine in the first (ap7), second (ap13) or third (ap19) loop of the quadruplex formedin K+ by the human telomere DNA 5'-d[AG3(TTAG3)3]. CD spectra and electrophoresis reveal that the presence of AP sites does not hinder the formation of intramolecular quadruplexes. NMR spectra show that the structural heterogeneity is substantially reduced in ap7 and ap19 as compared to that in the wild-type. These two (ap7 and ap19) sequences are shown to adopt the hybrid-1 and hybrid-2 quadruplex topology, respectively, with AP site located in a propeller-like loop. All three studied sequences transform easily into parallel quadruplex in dehydrating ethanol solution. Thus, the AP site in any loop region facilitates the formation of the propeller loop.

Název v anglickém jazyce

Loss of loop adenines alters human telomere d(AG3(TTAG3)3) quadruplex folding

Popis výsledku anglicky

Abasic (AP) lesions are the most frequent type of damages occurring in cellular DNA. Here we describe the conformational effects of AP sites substituted for 2'-deoxyadenosine in the first (ap7), second (ap13) or third (ap19) loop of the quadruplex formedin K+ by the human telomere DNA 5'-d[AG3(TTAG3)3]. CD spectra and electrophoresis reveal that the presence of AP sites does not hinder the formation of intramolecular quadruplexes. NMR spectra show that the structural heterogeneity is substantially reduced in ap7 and ap19 as compared to that in the wild-type. These two (ap7 and ap19) sequences are shown to adopt the hybrid-1 and hybrid-2 quadruplex topology, respectively, with AP site located in a propeller-like loop. All three studied sequences transform easily into parallel quadruplex in dehydrating ethanol solution. Thus, the AP site in any loop region facilitates the formation of the propeller loop.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CE - Biochemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Nucleic Acids Research

ISSN

0305-1048

e-ISSN

—

Svazek periodika

42

Číslo periodika v rámci svazku

22

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

11

Strana od-do

14031-14041

Kód UT WoS článku

000347916900057

EID výsledku v databázi Scopus

—