Extended molecular dynamics of a c-kit promoter quadruplex
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F15%3A00086620" target="_blank" >RIV/00216224:14740/15:00086620 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/15:00455886
Výsledek na webu
<a href="http://nar.oxfordjournals.org/content/43/18/8673.full.pdf+html" target="_blank" >http://nar.oxfordjournals.org/content/43/18/8673.full.pdf+html</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv785" target="_blank" >10.1093/nar/gkv785</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Extended molecular dynamics of a c-kit promoter quadruplex
Popis výsledku v původním jazyce
The 22-mer c-kit promoter sequence folds into a parallel-stranded quadruplex with a unique structure, which has been elucidated by crystallographic and NMR methods and shows a high degree of structural conservation. We have carried out a series of extended (up to 10 mu s long, similar to 50 mu s in total) molecular dynamics simulations to explore conformational stability and loop dynamics of this quadruplex. Unfolding no-salt simulations are consistent with a multi-pathway model of quadruplex folding and identify the single-nucleotide propeller loops as the most fragile part of the quadruplex. Thus, formation of propeller loops represents a peculiar atomistic aspect of quadruplex folding. Unbiased simulations reveal mu s-scale transitions in the loops,which emphasizes the need for extended simulations in studies of quadruplex loops. We identify ion binding in the loops which may contribute to quadruplex stability.
Název v anglickém jazyce
Extended molecular dynamics of a c-kit promoter quadruplex
Popis výsledku anglicky
The 22-mer c-kit promoter sequence folds into a parallel-stranded quadruplex with a unique structure, which has been elucidated by crystallographic and NMR methods and shows a high degree of structural conservation. We have carried out a series of extended (up to 10 mu s long, similar to 50 mu s in total) molecular dynamics simulations to explore conformational stability and loop dynamics of this quadruplex. Unfolding no-salt simulations are consistent with a multi-pathway model of quadruplex folding and identify the single-nucleotide propeller loops as the most fragile part of the quadruplex. Thus, formation of propeller loops represents a peculiar atomistic aspect of quadruplex folding. Unbiased simulations reveal mu s-scale transitions in the loops,which emphasizes the need for extended simulations in studies of quadruplex loops. We identify ion binding in the loops which may contribute to quadruplex stability.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2015
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Nucleic Acids Research
ISSN
0305-1048
e-ISSN
—
Svazek periodika
43
Číslo periodika v rámci svazku
18
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
21
Strana od-do
8673-8693
Kód UT WoS článku
000366406500014
EID výsledku v databázi Scopus
—