Role of S-turn2 in the Structure, Dynamics, and Function of Mitochondrial Ribosomal A-Site. A Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation Study

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F14%3A00073917" target="_blank" >RIV/00216224:14740/14:00073917 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/14:00431776

Výsledek na webu

<a href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp5030685" target="_blank" >http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp5030685</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp5030685" target="_blank" >10.1021/jp5030685</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Role of S-turn2 in the Structure, Dynamics, and Function of Mitochondrial Ribosomal A-Site. A Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation Study

Popis výsledku v původním jazyce

The mRNA decoding site (A-site) in the small ribosomal subunit controls fidelity of the translation process. Here, using molecular dynamics simulations and bioinformatic analyses, we investigated the structural dynamics of the human mitochondrial A-site(native and A1490G mutant) and compared it with the dynamics of the bacterial A-site. We detected and characterized a specific RNA backbone configuration, S-turn2, which occurs in the human mitochondrial but not in the bacterial A-site. Mitochondrial andbacterial A-sites show different propensities to form S-turn2 that may be caused by different base-pairing patterns of the flanking nucleotides. Also, the S-tum2 structural stability observed in the simulations supports higher accuracy and lower speed of mRNA decoding in mitochondria in comparison with bacteria.

Název v anglickém jazyce

Role of S-turn2 in the Structure, Dynamics, and Function of Mitochondrial Ribosomal A-Site. A Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation Study

Popis výsledku anglicky

The mRNA decoding site (A-site) in the small ribosomal subunit controls fidelity of the translation process. Here, using molecular dynamics simulations and bioinformatic analyses, we investigated the structural dynamics of the human mitochondrial A-site(native and A1490G mutant) and compared it with the dynamics of the bacterial A-site. We detected and characterized a specific RNA backbone configuration, S-turn2, which occurs in the human mitochondrial but not in the bacterial A-site. Mitochondrial andbacterial A-sites show different propensities to form S-turn2 that may be caused by different base-pairing patterns of the flanking nucleotides. Also, the S-tum2 structural stability observed in the simulations supports higher accuracy and lower speed of mRNA decoding in mitochondria in comparison with bacteria.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Physical Chemistry B

ISSN

1520-6106

e-ISSN

—

Svazek periodika

118

Číslo periodika v rámci svazku

24

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

15

Strana od-do

6687-6701

Kód UT WoS článku

000337784100037

EID výsledku v databázi Scopus

—