Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Molecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F12%3A33142847" target="_blank" >RIV/61989592:15310/12:33142847 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/68081707:_____/12:00389524 RIV/00216224:14740/12:00063769

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp309230v" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/jp309230v</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp309230v" target="_blank" >10.1021/jp309230v</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Molecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Riboswitches often occur in the 5'-untranslated regions of bacterial mRNA where they regulate gene expression. The preQ(1) riboswitch controls the biosynthesis of a hyper-modified nucleoside queuosine in response to binding the queuosine metabolic intermediate. Structures of the ligand-bound and ligand-free states of the preQ(1) riboswitch from Thermoanaerobacter tengcongensis were determined recently by Xray crystallography. We used multiple, microsecond-long molecular dynamics simulations (29 mu s intotal) to characterize the structural dynamics of preQ(1) riboswitches in both states. We observed different stabilities of the stem in the bound and free states, resulting in different accessibilities of the ribosomebinding site. These differences are related to different stacking interactions between nucleotides of the stem and the associated loop, which itself adopts different conformations in the bound and free states. We suggest that the loop not only serves to bind preQ, but also t

  • Název v anglickém jazyce

    Molecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study

  • Popis výsledku anglicky

    Riboswitches often occur in the 5'-untranslated regions of bacterial mRNA where they regulate gene expression. The preQ(1) riboswitch controls the biosynthesis of a hyper-modified nucleoside queuosine in response to binding the queuosine metabolic intermediate. Structures of the ligand-bound and ligand-free states of the preQ(1) riboswitch from Thermoanaerobacter tengcongensis were determined recently by Xray crystallography. We used multiple, microsecond-long molecular dynamics simulations (29 mu s intotal) to characterize the structural dynamics of preQ(1) riboswitches in both states. We observed different stabilities of the stem in the bound and free states, resulting in different accessibilities of the ribosomebinding site. These differences are related to different stacking interactions between nucleotides of the stem and the associated loop, which itself adopts different conformations in the bound and free states. We suggest that the loop not only serves to bind preQ, but also t

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    BO - Biofyzika

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2012

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Physical Chemistry B

  • ISSN

    1520-6106

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    116

  • Číslo periodika v rámci svazku

    42

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    14

  • Strana od-do

    12721-12734

  • Kód UT WoS článku

    000310120900010

  • EID výsledku v databázi Scopus