Molecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F12%3A33142847" target="_blank" >RIV/61989592:15310/12:33142847 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/12:00389524 RIV/00216224:14740/12:00063769
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp309230v" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/jp309230v</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp309230v" target="_blank" >10.1021/jp309230v</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Molecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study
Popis výsledku v původním jazyce
Riboswitches often occur in the 5'-untranslated regions of bacterial mRNA where they regulate gene expression. The preQ(1) riboswitch controls the biosynthesis of a hyper-modified nucleoside queuosine in response to binding the queuosine metabolic intermediate. Structures of the ligand-bound and ligand-free states of the preQ(1) riboswitch from Thermoanaerobacter tengcongensis were determined recently by Xray crystallography. We used multiple, microsecond-long molecular dynamics simulations (29 mu s intotal) to characterize the structural dynamics of preQ(1) riboswitches in both states. We observed different stabilities of the stem in the bound and free states, resulting in different accessibilities of the ribosomebinding site. These differences are related to different stacking interactions between nucleotides of the stem and the associated loop, which itself adopts different conformations in the bound and free states. We suggest that the loop not only serves to bind preQ, but also t
Název v anglickém jazyce
Molecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study
Popis výsledku anglicky
Riboswitches often occur in the 5'-untranslated regions of bacterial mRNA where they regulate gene expression. The preQ(1) riboswitch controls the biosynthesis of a hyper-modified nucleoside queuosine in response to binding the queuosine metabolic intermediate. Structures of the ligand-bound and ligand-free states of the preQ(1) riboswitch from Thermoanaerobacter tengcongensis were determined recently by Xray crystallography. We used multiple, microsecond-long molecular dynamics simulations (29 mu s intotal) to characterize the structural dynamics of preQ(1) riboswitches in both states. We observed different stabilities of the stem in the bound and free states, resulting in different accessibilities of the ribosomebinding site. These differences are related to different stacking interactions between nucleotides of the stem and the associated loop, which itself adopts different conformations in the bound and free states. We suggest that the loop not only serves to bind preQ, but also t
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
BO - Biofyzika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2012
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Physical Chemistry B
ISSN
1520-6106
e-ISSN
—
Svazek periodika
116
Číslo periodika v rámci svazku
42
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
14
Strana od-do
12721-12734
Kód UT WoS článku
000310120900010
EID výsledku v databázi Scopus
—