QM Computations on Complete Nucleic Acids Building Blocks: Analysis of the Sarcin-Ricin RNA Motif Using DFT-D3, HF-3c, PM6-D3H, and MM Approaches

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F14%3A00073919" target="_blank" >RIV/00216224:14740/14:00073919 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/14:00431777

Výsledek na webu

<a href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct500183w" target="_blank" >http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct500183w</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct500183w" target="_blank" >10.1021/ct500183w</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

QM Computations on Complete Nucleic Acids Building Blocks: Analysis of the Sarcin-Ricin RNA Motif Using DFT-D3, HF-3c, PM6-D3H, and MM Approaches

Popis výsledku v původním jazyce

A set of conformations obtained from explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations of the Sarcin-Ricin internal loop (SRL) RNA motif is investigated using quantum mechanical (QM, TPSS-D3/def2-TZVP DFT-D3) and molecular mechanics (MM, AMBER parm99bsc0+chi(ol3) force field) methods. Solvent effects are approximated using implicit solvent methods (COSMO for DFT-D3; GB and PB for MM). Large-scale DFT-D3 optimizations of the full 11-nucleotide motif are compared to MM results and reveal a higher flexibility of DFT-D3 over the MM in the optimization procedure. Conformational energies of the SRL motif expose significant differences in the DFT-D3 and MM energy descriptions that explain difficulties in MD simulations of the SRL motif. The TPSS-D3 data are in excellent agreement with results obtained by the hybrid functionals PW6B95-D3 and M06-2X. Computationally more efficient methods such as PM6-D3H and HF-3c show promising but partly inconsistent results.

Název v anglickém jazyce

QM Computations on Complete Nucleic Acids Building Blocks: Analysis of the Sarcin-Ricin RNA Motif Using DFT-D3, HF-3c, PM6-D3H, and MM Approaches

Popis výsledku anglicky

A set of conformations obtained from explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations of the Sarcin-Ricin internal loop (SRL) RNA motif is investigated using quantum mechanical (QM, TPSS-D3/def2-TZVP DFT-D3) and molecular mechanics (MM, AMBER parm99bsc0+chi(ol3) force field) methods. Solvent effects are approximated using implicit solvent methods (COSMO for DFT-D3; GB and PB for MM). Large-scale DFT-D3 optimizations of the full 11-nucleotide motif are compared to MM results and reveal a higher flexibility of DFT-D3 over the MM in the optimization procedure. Conformational energies of the SRL motif expose significant differences in the DFT-D3 and MM energy descriptions that explain difficulties in MD simulations of the SRL motif. The TPSS-D3 data are in excellent agreement with results obtained by the hybrid functionals PW6B95-D3 and M06-2X. Computationally more efficient methods such as PM6-D3H and HF-3c show promising but partly inconsistent results.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Chemical Theory and Computation

ISSN

1549-9618

e-ISSN

—

Svazek periodika

10

Číslo periodika v rámci svazku

6

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

15

Strana od-do

2615-2629

Kód UT WoS článku

000337199300042

EID výsledku v databázi Scopus

—