Quantum Chemical Benchmark Study on 46 RNA Backbone Families Using a Dinucleotide Unit
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F15%3A00081386" target="_blank" >RIV/00216224:14740/15:00081386 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/15:00455892
Výsledek na webu
<a href="http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.5b00515" target="_blank" >http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.5b00515</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.5b00515" target="_blank" >10.1021/acs.jctc.5b00515</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Quantum Chemical Benchmark Study on 46 RNA Backbone Families Using a Dinucleotide Unit
Popis výsledku v původním jazyce
We have created a benchmark set of quantum chemical structure energy data denoted as UpU46, which consists of 46 uracil dinucleotides (UpU), representing all known 46 RNA backbone conformational families. Penalty-function-based restrained optimizations with COSMO TPSS-D3/def2-TZVP ensure a balance between keeping the target conformation and geometry relaxation. The backbone geometries are close to the clustering-means of their respective RNA bioinformatics family classification. High-level wave functionmethods (DLPNO-CCSD(T) as reference) and a wide-range of dispersion-corrected or inclusive DFT methods (DFT-D3, VV10, LC-BOP-LRD, M06-2X, M11, and more) are used to evaluate the conformational energies. The results are compared to the Amber RNA bsc0 chi(OL3) force field. Most dispersion-corrected DFT methods surpass the Amber force field significantly in accuracy and yield mean absolute deviations (MADs) for relative conformational energies of similar to 0.4-0.6 kcal/mol.
Název v anglickém jazyce
Quantum Chemical Benchmark Study on 46 RNA Backbone Families Using a Dinucleotide Unit
Popis výsledku anglicky
We have created a benchmark set of quantum chemical structure energy data denoted as UpU46, which consists of 46 uracil dinucleotides (UpU), representing all known 46 RNA backbone conformational families. Penalty-function-based restrained optimizations with COSMO TPSS-D3/def2-TZVP ensure a balance between keeping the target conformation and geometry relaxation. The backbone geometries are close to the clustering-means of their respective RNA bioinformatics family classification. High-level wave functionmethods (DLPNO-CCSD(T) as reference) and a wide-range of dispersion-corrected or inclusive DFT methods (DFT-D3, VV10, LC-BOP-LRD, M06-2X, M11, and more) are used to evaluate the conformational energies. The results are compared to the Amber RNA bsc0 chi(OL3) force field. Most dispersion-corrected DFT methods surpass the Amber force field significantly in accuracy and yield mean absolute deviations (MADs) for relative conformational energies of similar to 0.4-0.6 kcal/mol.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2015
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Chemical Theory and Computation
ISSN
1549-9618
e-ISSN
—
Svazek periodika
11
Číslo periodika v rámci svazku
10
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
20
Strana od-do
4972-4991
Kód UT WoS článku
000362921700045
EID výsledku v databázi Scopus
—