Identification of a Novel Retrotransposon with Sex Chromosome-Specific Distribution in Silene latifolia

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F14%3A00079375" target="_blank" >RIV/00216224:14740/14:00079375 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/14:00436625 RIV/61389030:_____/14:00436625

Výsledek na webu

<a href="http://www.karger.com/Article/Pdf/362142" target="_blank" >http://www.karger.com/Article/Pdf/362142</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1159/000362142" target="_blank" >10.1159/000362142</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Identification of a Novel Retrotransposon with Sex Chromosome-Specific Distribution in Silene latifolia

Popis výsledku v původním jazyce

Silene latifolia is a dioecious plant species with chromosomal sex determination. Although the evolution of sex chromosomes in S. latifolia has been the subject of numerous studies, a global view of X chromosome structure in this species is still missing. Here, we combine X chromosome microdissection and BAC library screening to isolate new X chromosome-linked sequences. Out of 8 identified BAC clones, only BAC 86M14 showed an X-preferential signal after FISH experiments. Further analysis revealed the existence of the Athila retroelement which is enriched in the X chromosome and nearly absent in the Y chromosome. Based on previous data, the Athila retroelement belongs to the CL3 group of most repetitive sequences in the S. latifolia genome. Structural,transcriptomics and phylogenetic analyses revealed that Athila CL3 represents an old clade in the Athila lineage. We propose a mechanism responsible for Athila CL3 distribution in the S. latifolia genome. (C) 2014 S. Karger AG, Basel

Název v anglickém jazyce

Identification of a Novel Retrotransposon with Sex Chromosome-Specific Distribution in Silene latifolia

Popis výsledku anglicky

Silene latifolia is a dioecious plant species with chromosomal sex determination. Although the evolution of sex chromosomes in S. latifolia has been the subject of numerous studies, a global view of X chromosome structure in this species is still missing. Here, we combine X chromosome microdissection and BAC library screening to isolate new X chromosome-linked sequences. Out of 8 identified BAC clones, only BAC 86M14 showed an X-preferential signal after FISH experiments. Further analysis revealed the existence of the Athila retroelement which is enriched in the X chromosome and nearly absent in the Y chromosome. Based on previous data, the Athila retroelement belongs to the CL3 group of most repetitive sequences in the S. latifolia genome. Structural,transcriptomics and phylogenetic analyses revealed that Athila CL3 represents an old clade in the Athila lineage. We propose a mechanism responsible for Athila CL3 distribution in the S. latifolia genome. (C) 2014 S. Karger AG, Basel

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Cytogenetic and Genome research

ISSN

1424-8581

e-ISSN

—

Svazek periodika

143

Číslo periodika v rámci svazku

1-3

Stát vydavatele periodika

CH - Švýcarská konfederace

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

87-95

Kód UT WoS článku

000342614100009

EID výsledku v databázi Scopus

—