Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

tcR: an R package for T cell receptor repertoire advanced data analysis

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F15%3A00085151" target="_blank" >RIV/00216224:14740/15:00085151 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://download.springer.com/static/pdf/403/art%253A10.1186%252Fs12859-015-0613-1.pdf?originUrl=http%3A%2F%2Fbmcbioinformatics.biomedcentral.com%2Farticle%2F10.1186%2Fs12859-015-0613-1&token2=exp=1452494593~acl=%2Fstatic%2Fpdf%2F403%2Fart%25253A10.1186%2" target="_blank" >http://download.springer.com/static/pdf/403/art%253A10.1186%252Fs12859-015-0613-1.pdf?originUrl=http%3A%2F%2Fbmcbioinformatics.biomedcentral.com%2Farticle%2F10.1186%2Fs12859-015-0613-1&token2=exp=1452494593~acl=%2Fstatic%2Fpdf%2F403%2Fart%25253A10.1186%2</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1186/s12859-015-0613-1" target="_blank" >10.1186/s12859-015-0613-1</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    tcR: an R package for T cell receptor repertoire advanced data analysis

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Background The Immunoglobulins (IG) and the T cell receptors (TR) play the key role in antigen recognition during the adaptive immune response. Recent progress in next-generation sequencing technologies has provided an opportunity for the deep T cell receptor repertoire profiling. However, a specialised software is required for the rational analysis of massive data generated by next-generation sequencing. Results Here we introduce tcR, a new R package, representing a platform for the advanced analysis of T cell receptor repertoires, which includes diversity measures, shared T cell receptor sequences identification, gene usage statistics computation and other widely used methods. The tool has proven its utility in recent research studies. Conclusions tcR is an R package for the advanced analysis of T cell receptor repertoires after primary TR sequences extraction from raw sequencing reads. The stable version can be directly installed from The Comprehensive R Archive Network (http://cran

  • Název v anglickém jazyce

    tcR: an R package for T cell receptor repertoire advanced data analysis

  • Popis výsledku anglicky

    Background The Immunoglobulins (IG) and the T cell receptors (TR) play the key role in antigen recognition during the adaptive immune response. Recent progress in next-generation sequencing technologies has provided an opportunity for the deep T cell receptor repertoire profiling. However, a specialised software is required for the rational analysis of massive data generated by next-generation sequencing. Results Here we introduce tcR, a new R package, representing a platform for the advanced analysis of T cell receptor repertoires, which includes diversity measures, shared T cell receptor sequences identification, gene usage statistics computation and other widely used methods. The tool has proven its utility in recent research studies. Conclusions tcR is an R package for the advanced analysis of T cell receptor repertoires after primary TR sequences extraction from raw sequencing reads. The stable version can be directly installed from The Comprehensive R Archive Network (http://cran

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CE - Biochemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2015

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    BMC Bioinformatics

  • ISSN

    1471-2105

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    16

  • Číslo periodika v rámci svazku

    May

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    5

  • Strana od-do

    "nestránkováno"

  • Kód UT WoS článku

    000355072600001

  • EID výsledku v databázi Scopus