ARResT/AssignSubsets: a novel application for robust subclassification of chronic lymphocytic leukemia based on B cell receptor IG stereotypy
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F15%3A00086128" target="_blank" >RIV/00216224:14740/15:00086128 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/31/23/3844" target="_blank" >http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/31/23/3844</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv456" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btv456</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
ARResT/AssignSubsets: a novel application for robust subclassification of chronic lymphocytic leukemia based on B cell receptor IG stereotypy
Popis výsledku v původním jazyce
Motivation: An ever-increasing body of evidence supports the importance of B cell receptor immunoglobulin (BcR IG) sequence restriction, alias stereotypy, in chronic lymphocytic leukemia (CLL). This phenomenon accounts for similar to 30% of studied cases, one in eight of which belong to major subsets, and extends beyond restricted sequence patterns to shared biologic and clinical characteristics and, generally, outcome. Thus, the robust assignment of new cases to major CLL subsets is a critical, and yetunmet, requirement. Results: We introduce a novel application, ARResT/AssignSubsets, which enables the robust assignment of BcR IG sequences from CLL patients to major stereotyped subsets. ARResT/AssignSubsets uniquely combines expert immunogenetic sequence annotation from IMGT/V-QUEST with curation to safeguard quality, statistical modeling of sequence features from more than 7500 CLL patients, and results from multiple perspectives to allow for both objective and subjective assessment
Název v anglickém jazyce
ARResT/AssignSubsets: a novel application for robust subclassification of chronic lymphocytic leukemia based on B cell receptor IG stereotypy
Popis výsledku anglicky
Motivation: An ever-increasing body of evidence supports the importance of B cell receptor immunoglobulin (BcR IG) sequence restriction, alias stereotypy, in chronic lymphocytic leukemia (CLL). This phenomenon accounts for similar to 30% of studied cases, one in eight of which belong to major subsets, and extends beyond restricted sequence patterns to shared biologic and clinical characteristics and, generally, outcome. Thus, the robust assignment of new cases to major CLL subsets is a critical, and yetunmet, requirement. Results: We introduce a novel application, ARResT/AssignSubsets, which enables the robust assignment of BcR IG sequences from CLL patients to major stereotyped subsets. ARResT/AssignSubsets uniquely combines expert immunogenetic sequence annotation from IMGT/V-QUEST with curation to safeguard quality, statistical modeling of sequence features from more than 7500 CLL patients, and results from multiple perspectives to allow for both objective and subjective assessment
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2015
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Bioinformatics
ISSN
1367-4803
e-ISSN
—
Svazek periodika
31
Číslo periodika v rámci svazku
23
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
3
Strana od-do
3844-3846
Kód UT WoS článku
000366378400021
EID výsledku v databázi Scopus
—