Modified guanines as constituents of smart ligands for nucleic acid quadruplexes
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F16%3A00089862" target="_blank" >RIV/00216224:14740/16:00089862 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/chem.201601608" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1002/chem.201601608</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/chem.201601608" target="_blank" >10.1002/chem.201601608</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Modified guanines as constituents of smart ligands for nucleic acid quadruplexes
Popis výsledku v původním jazyce
Repetitive guanine-rich nucleic acid sequences play a crucial role in maintaining the genome stability and cell live cycle and represent potential targets for regulatory drugs. Recently, it has been demonstrated that the guanine-based ligands with porphyrin core can be used as markers of G-quadruplex assemblies in the cell tissues. In this contribution we explore the model systems of the guanine-based ligands by methods of density-functional theory (DFT). We calculate the energy of formation for modified guanine tetrads as well as those for the modified tetrads stacked on the top of natural guanine tetrads. We decompose interaction energy to the contributions of hydrogen bonding, stacking, and ion coordination and the twist-rise potential energy scan is performed to find the individual local minima. The energy decomposition analysis reveals the impact of various substituents (F, Cl, Br, I, Me, NMe2) on individual energy terms.
Název v anglickém jazyce
Modified guanines as constituents of smart ligands for nucleic acid quadruplexes
Popis výsledku anglicky
Repetitive guanine-rich nucleic acid sequences play a crucial role in maintaining the genome stability and cell live cycle and represent potential targets for regulatory drugs. Recently, it has been demonstrated that the guanine-based ligands with porphyrin core can be used as markers of G-quadruplex assemblies in the cell tissues. In this contribution we explore the model systems of the guanine-based ligands by methods of density-functional theory (DFT). We calculate the energy of formation for modified guanine tetrads as well as those for the modified tetrads stacked on the top of natural guanine tetrads. We decompose interaction energy to the contributions of hydrogen bonding, stacking, and ion coordination and the twist-rise potential energy scan is performed to find the individual local minima. The energy decomposition analysis reveals the impact of various substituents (F, Cl, Br, I, Me, NMe2) on individual energy terms.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2016
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Chemistry - A European Journal
ISSN
0947-6539
e-ISSN
—
Svazek periodika
22
Číslo periodika v rámci svazku
31
Stát vydavatele periodika
DE - Spolková republika Německo
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
10912-10922
Kód UT WoS článku
000382885500029
EID výsledku v databázi Scopus
—