Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F18%3A00101714" target="_blank" >RIV/00216224:14740/18:00101714 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1140/epje/i2018-11694-7" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1140/epje/i2018-11694-7</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1140/epje/i2018-11694-7" target="_blank" >10.1140/epje/i2018-11694-7</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code

Popis výsledku v původním jazyce

In this article we demonstrate a general and efficient metaprogramming implementation of concerted rotations using Mathematica. Concerted rotations allow the movement of a fixed portion of a polymer backbone with fixed bending angles, like a protein, while maintaining the correct geometry of the backbone and the initial and final points of the portion fixed. Our implementation uses Mathematica to generate a C code which is then wrapped in a library by a Python script. The user can modify the Mathematica notebook to generate a set of concerted rotations suited for a particular backbone geometry, without having to write the C code himself. The resulting code is highly optimized, performing on the order of thousands of operations per second.

Název v anglickém jazyce

Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code

Popis výsledku anglicky

In this article we demonstrate a general and efficient metaprogramming implementation of concerted rotations using Mathematica. Concerted rotations allow the movement of a fixed portion of a polymer backbone with fixed bending angles, like a protein, while maintaining the correct geometry of the backbone and the initial and final points of the portion fixed. Our implementation uses Mathematica to generate a C code which is then wrapped in a library by a Python script. The user can modify the Mathematica notebook to generate a set of concerted rotations suited for a particular backbone geometry, without having to write the C code himself. The resulting code is highly optimized, performing on the order of thousands of operations per second.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

20501 - Materials engineering

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

EUROPEAN PHYSICAL JOURNAL E

ISSN

1292-8941

e-ISSN

—

Svazek periodika

41

Číslo periodika v rámci svazku

7

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

87

Kód UT WoS článku

000439642100001

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85050279740