Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F18%3A00102379" target="_blank" >RIV/00216224:14740/18:00102379 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://journals.iucr.org/d/issues/2018/03/00/ba5278/index.html" target="_blank" >https://journals.iucr.org/d/issues/2018/03/00/ba5278/index.html</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1107/S2059798318002541" target="_blank" >10.1107/S2059798318002541</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography

Popis výsledku v původním jazyce

The Worldwide PDB validation report (VR) provides a mechanism to highlight any major issues concerning the quality of the data and the model at the time of deposition and annotation, so the depositors can fix issues, resulting in improved data quality. In this article, the ligand-validation methods used in the generation of the current VRs are described in detail, including an examination of the metrics to assess both geometry and electron-density fit. It is found that the LLDF score currently used to identify ligand electron-density fit outliers can give misleading results and that better ligand-validation metrics are required.

Název v anglickém jazyce

Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography

Popis výsledku anglicky

The Worldwide PDB validation report (VR) provides a mechanism to highlight any major issues concerning the quality of the data and the model at the time of deposition and annotation, so the depositors can fix issues, resulting in improved data quality. In this article, the ligand-validation methods used in the generation of the current VRs are described in detail, including an examination of the metrics to assess both geometry and electron-density fit. It is found that the LLDF score currently used to identify ligand electron-density fit outliers can give misleading results and that better ligand-validation metrics are required.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Acta Crystallographica Section D

ISSN

2059-7983

e-ISSN

—

Svazek periodika

74

Číslo periodika v rámci svazku

3

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

228-236

Kód UT WoS článku

000427362000006

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85043764737