Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

De novo design of a non-local beta-sheet protein with high stability and accuracy

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F18%3A00104596" target="_blank" >RIV/00216224:14740/18:00104596 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41594-018-0141-6" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1038/s41594-018-0141-6</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41594-018-0141-6" target="_blank" >10.1038/s41594-018-0141-6</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    De novo design of a non-local beta-sheet protein with high stability and accuracy

  • Popis výsledku v původním jazyce

    beta-sheet proteins carry out critical functions in biology, and hence are attractive scaffolds for computational protein design. Despite this potential, de novo design of all-beta-sheet proteins from first principles lags far behind the design of all-alpha or mixed-alpha beta domains owing to their non-local nature and the tendency of exposed beta-strand edges to aggregate. Through study of loops connecting unpaired beta-strands (beta-arches), we have identified a series of structural relationships between loop geometry, side chain directionality and beta-strand length that arise from hydrogen bonding and packing constraints on regular beta-sheet structures. We use these rules to de novo design jellyroll structures with double-stranded beta-helices formed by eight antiparallel beta-strands. The nuclear magnetic resonance structure of a hyperthermostable design closely matched the computational model, demonstrating accurate control over the beta-sheet structure and loop geometry. Our results open the door to the design of a broad range of non-local beta-sheet protein structures.

  • Název v anglickém jazyce

    De novo design of a non-local beta-sheet protein with high stability and accuracy

  • Popis výsledku anglicky

    beta-sheet proteins carry out critical functions in biology, and hence are attractive scaffolds for computational protein design. Despite this potential, de novo design of all-beta-sheet proteins from first principles lags far behind the design of all-alpha or mixed-alpha beta domains owing to their non-local nature and the tendency of exposed beta-strand edges to aggregate. Through study of loops connecting unpaired beta-strands (beta-arches), we have identified a series of structural relationships between loop geometry, side chain directionality and beta-strand length that arise from hydrogen bonding and packing constraints on regular beta-sheet structures. We use these rules to de novo design jellyroll structures with double-stranded beta-helices formed by eight antiparallel beta-strands. The nuclear magnetic resonance structure of a hyperthermostable design closely matched the computational model, demonstrating accurate control over the beta-sheet structure and loop geometry. Our results open the door to the design of a broad range of non-local beta-sheet protein structures.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/LQ1601" target="_blank" >LQ1601: CEITEC 2020</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2018

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    NATURE STRUCTURAL &amp; MOLECULAR BIOLOGY

  • ISSN

    1545-9993

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    25

  • Číslo periodika v rámci svazku

    11

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    10

  • Strana od-do

    1028

  • Kód UT WoS článku

    000449271800009

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85055985092