Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

artMAP: A user-friendly tool for mapping ethyl methanesulfonate-induced mutations in Arabidopsis

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F19%3A00108223" target="_blank" >RIV/00216224:14740/19:00108223 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/10.1002/pld3.146" target="_blank" >https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/10.1002/pld3.146</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1002/pld3.146" target="_blank" >10.1002/pld3.146</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    artMAP: A user-friendly tool for mapping ethyl methanesulfonate-induced mutations in Arabidopsis

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Mapping-by-sequencing is a rapid method for identifying both natural as well as induced variations in the genome. However, it requires extensive bioinformatics expertise along with the computational infrastructure to analyze the sequencing data and these requirements have limited its widespread adoption. In the current study, we develop an easy to use tool, artMAP, to discover ethyl methanesulfonate (EMS) induced mutations in the Arabidopsis genome. The artMAP pipeline consists of well-established tools including TrimGalore, BWA, BEDTools, SAMtools, and SnpEff which were integrated in a Docker container. artMAP provides a graphical user interface and can be run on a regular laptop and desktop, thereby limiting the bioinformatics expertise required. artMAP can process input sequencing files generated from single or paired-end sequencing. The results of the analysis are presented in interactive graphs which display the annotation details of each mutation. Due to its ease of use, artMAP makes the identification of EMS-induced mutations in Arabidopsis possible with only a few mouse click. The source code of artMAP is available on Github (https://github.com/RihaLab/artMAP).

  • Název v anglickém jazyce

    artMAP: A user-friendly tool for mapping ethyl methanesulfonate-induced mutations in Arabidopsis

  • Popis výsledku anglicky

    Mapping-by-sequencing is a rapid method for identifying both natural as well as induced variations in the genome. However, it requires extensive bioinformatics expertise along with the computational infrastructure to analyze the sequencing data and these requirements have limited its widespread adoption. In the current study, we develop an easy to use tool, artMAP, to discover ethyl methanesulfonate (EMS) induced mutations in the Arabidopsis genome. The artMAP pipeline consists of well-established tools including TrimGalore, BWA, BEDTools, SAMtools, and SnpEff which were integrated in a Docker container. artMAP provides a graphical user interface and can be run on a regular laptop and desktop, thereby limiting the bioinformatics expertise required. artMAP can process input sequencing files generated from single or paired-end sequencing. The results of the analysis are presented in interactive graphs which display the annotation details of each mutation. Due to its ease of use, artMAP makes the identification of EMS-induced mutations in Arabidopsis possible with only a few mouse click. The source code of artMAP is available on Github (https://github.com/RihaLab/artMAP).

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10611 - Plant sciences, botany

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2019

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    PLANT DIRECT

  • ISSN

    2475-4455

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    3

  • Číslo periodika v rámci svazku

    6

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    7

  • Strana od-do

    1-7

  • Kód UT WoS článku

    000509900300003

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85068070825