Potenciál pokročilých genomických metod pro analýzu komplexního karyotypu: příklad využití u chronické lymfocytární leukémie

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F24%3A00137824" target="_blank" >RIV/00216224:14740/24:00137824 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://sites.google.com/scientifika.eu/dna-diagnostika-2024" target="_blank" >https://sites.google.com/scientifika.eu/dna-diagnostika-2024</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Potenciál pokročilých genomických metod pro analýzu komplexního karyotypu: příklad využití u chronické lymfocytární leukémie

Popis výsledku v původním jazyce

Chronická lymfocytární leukémie (CLL) je nejčastějším typem leukémie dospělých v Západním světě. Je pro ni typický variabilní klinický průběh. U pacientů s nepříznivou prognózou se rekurentně vyskytuje komplexní karyotyp (CK), který je charakterizován přítomností ≥3 chromozomových změn, zahrnujících numerické a strukturní varianty (SV). Předpokládáme, že přesná charakterizace komplexních SV může přispět k pochopení molekulárních mechanismů vedoucích k progresi onemocnění a výběru vhodné terapie. K detekci chromozomových změn jsou u CLL využívané především G-pruhování, FISH a mFISH, které neposkytují informaci o sekvenci DNA či interakcích chromatinu a mají omezenou rozlišovací schopnost. Moderní technologie, jako jsou sekvenování s krátkým (Illumina) a dlouhým čtením (např. Oxford Nanopore Technologies; ONT), analýza konformace chromatinu (Hi-C) a optické mapování genomu (OGM; Bionano Genomics), poskytují komplexnější pohled na celý genom ve vysokém rozlišení. U 10 CLL pacientů s CK jsme provedli porovnání dat z uvedených rutinních i pokročilých metod. Pro identifikaci SV z ONT dat byl použit průnik nástrojů SVIM, Sniffles a Delly, u dat z Illuminy nástroje Delly a Manta. Pro analýzu SV detekovaných OGM byl použit postup Rare Variant Analysis a pro detekci aberací metodou Hi-C byly aplikovány nástroje EagleC a NeoLoopFinder. Názorné porovnání výsledků bude prezentováno na vybraném vzorku. Budou představeny možnosti výstupů a zhodnoceny výhody a nedostatky jednotlivých metod. Na základě našich výsledků věříme, že pokročilá analýza genomu je v kombinaci s tradičními přístupy velkým příslibem pro řešení komplexních chromozomových přestaveb nejen u CLL.

Název v anglickém jazyce

The Potential of Advanced Genomic Methods for Complex Karyotype Analysis: A Case Study in Chronic Lymphocytic Leukemia

Popis výsledku anglicky

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most common type of leukemia in adults in the Western world. It is characterized by a highly variable clinical course. In patients with an unfavorable prognosis, a complex karyotype (CK) is recurrently observed, defined by the presence of ≥3 chromosomal alterations, including numerical and structural variants (SVs). We hypothesize that precise characterization of complex SVs may contribute to understanding the molecular mechanisms driving disease progression and aid in selecting appropriate therapy. Chromosomal alterations in CLL are primarily detected using G-banding, FISH, and mFISH, which do not provide information on DNA sequence or chromatin interactions and have limited resolution. Modern technologies, such as short-read (Illumina) and long-read sequencing (e.g., Oxford Nanopore Technologies; ONT), chromatin conformation analysis (Hi-C), and optical genome mapping (OGM; Bionano Genomics), offer a more comprehensive, high-resolution view of the entire genome. We performed a comparative analysis of data from these routine and advanced methods in 10 CLL patients with CK. Structural variants from ONT data were identified using an intersection of the tools SVIM, Sniffles, and Delly, while Illumina data were analyzed using Delly and Manta. For analyzing SVs detected by OGM, the Rare Variant Analysis approach was applied, and for detecting aberrations using Hi-C, the tools EagleC and NeoLoopFinder were utilized. A visual comparison of results will be presented for a selected sample. The potential outputs of each method will be demonstrated, and the advantages and limitations of each approach will be assessed. Based on our findings, we believe that advanced genome analysis, in combination with traditional approaches, holds great promise for addressing complex chromosomal rearrangements, not only in CLL.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

30204 - Oncology

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů