Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

The Presence and Localization of G-Quadruplex Forming Sequences in the Domain of Bacteria

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26210%2F19%3APU132011" target="_blank" >RIV/00216305:26210/19:PU132011 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/68081707:_____/19:00510253 RIV/62156489:43110/19:43915679 RIV/61988987:17310/19:A2002100

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.mdpi.com/journal/molecules/special_issues/Gquadruplex_Microorganisms#published" target="_blank" >https://www.mdpi.com/journal/molecules/special_issues/Gquadruplex_Microorganisms#published</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3390/molecules24091711" target="_blank" >10.3390/molecules24091711</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    The Presence and Localization of G-Quadruplex Forming Sequences in the Domain of Bacteria

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The role of local DNA structures in the regulation of basic cellular processes is an emerging field of research. Amongst local non-B DNA structures, the significance of G-quadruplexes was demonstrated in the last decade, and their presence and functional relevance has been demonstrated in many genomes, including humans. In this study, we analyzed the presence and locations of G-quadruplex-forming sequences by G4Hunter in all complete bacterial genomes available in the NCBI database. G-quadruplex-forming sequences were identified in all species, however the frequency differed significantly across evolutionary groups. The highest frequency of G-quadruplex forming sequences was detected in the subgroup Deinococcus-Thermus, and the lowest frequency in Thermotogae. G-quadruplex forming sequences are non-randomly distributed and are favored in various evolutionary groups. G-quadruplex-forming sequences are enriched in ncRNA segments followed by mRNAs. Analyses of surrounding sequences showed G-quadruplex-forming sequences around tRNA and regulatory sequences. These data point to the unique and non-random localization of G-quadruplex-forming sequences in bacterial genomes.

  • Název v anglickém jazyce

    The Presence and Localization of G-Quadruplex Forming Sequences in the Domain of Bacteria

  • Popis výsledku anglicky

    The role of local DNA structures in the regulation of basic cellular processes is an emerging field of research. Amongst local non-B DNA structures, the significance of G-quadruplexes was demonstrated in the last decade, and their presence and functional relevance has been demonstrated in many genomes, including humans. In this study, we analyzed the presence and locations of G-quadruplex-forming sequences by G4Hunter in all complete bacterial genomes available in the NCBI database. G-quadruplex-forming sequences were identified in all species, however the frequency differed significantly across evolutionary groups. The highest frequency of G-quadruplex forming sequences was detected in the subgroup Deinococcus-Thermus, and the lowest frequency in Thermotogae. G-quadruplex forming sequences are non-randomly distributed and are favored in various evolutionary groups. G-quadruplex-forming sequences are enriched in ncRNA segments followed by mRNAs. Analyses of surrounding sequences showed G-quadruplex-forming sequences around tRNA and regulatory sequences. These data point to the unique and non-random localization of G-quadruplex-forming sequences in bacterial genomes.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2019

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    MOLECULES

  • ISSN

    1420-3049

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    24

  • Číslo periodika v rámci svazku

    9

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    13

  • Strana od-do

    1-13

  • Kód UT WoS článku

    000469518100070

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85065646357