Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

G-Quadruplexes in the Archaea Domain

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61988987%3A17310%2F20%3AA22029NP" target="_blank" >RIV/61988987:17310/20:A22029NP - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/68081707:_____/20:00537727 RIV/62156489:43110/20:43918337 RIV/00216305:26310/20:PU137279

  • Výsledek na webu

    <a href="https://www.mdpi.com/2218-273X/10/9/1349" target="_blank" >https://www.mdpi.com/2218-273X/10/9/1349</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3390/biom10091349" target="_blank" >10.3390/biom10091349</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    G-Quadruplexes in the Archaea Domain

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The importance of unusual DNA structures in the regulation of basic cellular processes is an emerging field of research. Amongst local non-B DNA structures, G-quadruplexes (G4s) have gained in popularity during the last decade, and their presence and functional relevance at the DNA and RNA level has been demonstrated in a number of viral, bacterial, and eukaryotic genomes, including humans. Here, we performed the first systematic search of G4-forming sequences in all archaeal genomes available in the NCBI database. In this article, we investigate the presence and locations of G-quadruplex forming sequences using the G4Hunter algorithm. G-quadruplex-prone sequences were identified in all archaeal species, with highly significant differences in frequency, from 0.037 to 15.31 potential quadruplex sequences per kb. While G4 forming sequences were extremely abundant in Hadesarchaea archeon (strikingly, more than 50% of the Hadesarchaea archaeon isolate WYZ-LMO6 genome is a potential part of a G4-motif), they were very rare in the Parvarchaeota phylum. The presence of G-quadruplex forming sequences does not follow a random distribution with an over-representation in non-coding RNA, suggesting possible roles for ncRNA regulation. These data illustrate the unique and non-random localization of G-quadruplexes in Archaea.

  • Název v anglickém jazyce

    G-Quadruplexes in the Archaea Domain

  • Popis výsledku anglicky

    The importance of unusual DNA structures in the regulation of basic cellular processes is an emerging field of research. Amongst local non-B DNA structures, G-quadruplexes (G4s) have gained in popularity during the last decade, and their presence and functional relevance at the DNA and RNA level has been demonstrated in a number of viral, bacterial, and eukaryotic genomes, including humans. Here, we performed the first systematic search of G4-forming sequences in all archaeal genomes available in the NCBI database. In this article, we investigate the presence and locations of G-quadruplex forming sequences using the G4Hunter algorithm. G-quadruplex-prone sequences were identified in all archaeal species, with highly significant differences in frequency, from 0.037 to 15.31 potential quadruplex sequences per kb. While G4 forming sequences were extremely abundant in Hadesarchaea archeon (strikingly, more than 50% of the Hadesarchaea archaeon isolate WYZ-LMO6 genome is a potential part of a G4-motif), they were very rare in the Parvarchaeota phylum. The presence of G-quadruplex forming sequences does not follow a random distribution with an over-representation in non-coding RNA, suggesting possible roles for ncRNA regulation. These data illustrate the unique and non-random localization of G-quadruplexes in Archaea.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10606 - Microbiology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Biomolecules

  • ISSN

    2218-273X

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    10

  • Číslo periodika v rámci svazku

    9

  • Stát vydavatele periodika

    CH - Švýcarská konfederace

  • Počet stran výsledku

    23

  • Strana od-do

    1-23

  • Kód UT WoS článku

    000580139600001

  • EID výsledku v databázi Scopus