Klasifikace prokaryotických organismů založená na komprimovaných celogenomových signálech

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F13%3APU104798" target="_blank" >RIV/00216305:26220/13:PU104798 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Klasifikace prokaryotických organismů založená na komprimovaných celogenomových signálech

Popis výsledku v původním jazyce

Klasifikace organismů je jednou ze základních otázek biologie. Jelikož hlavním nositelem dědič-nosti je DNA, je porovnávání organismů založeno na molekulárních znacích. Přitom nové techniky sekvenace umožňují levné sestavení celého genomu jednotlivých organismů, zvláště pak prokaryotických, u kterých je genom tvořen jediným kruhových chromozomem. Klasické metody komparace jsou ale založené na vícenásobném zarovnání znakových sekvencí, které je výpočetně velmi náročné, pro více sekvencí s délkou nad 100kbp prakticky nemožné. Klasifikace se tak provádí na úrovní genů (stovky až jednotky tisíc bp), které ale nemusí dobře popisovat vývoj celého organismu, jen vývoj tohoto konkrétního genu. Při nesprávné volbě genu je pak celá klasifikace chybná. Převodemsekvence znaků na signál kumulované fáze zjistíme, že takový signál je zčásti redundantní a dokáže si uchovat význačné charakteristiky i po masivní ztrátové

Název v anglickém jazyce

Classification of prokaryotic organisms based on compressed whole genome signals

Popis výsledku anglicky

Modern classification of organisms is based on molecular data. These methods rely on multiple alignment of sequences of characters which make them computationally demanding. Only small parts of genomes can be compared in reasonable time. In this paper, the conversion of the whole genome sequences to cumulative phase signals is presented. Dyadic wavelet transform is used for lossy compression of signals by redundant frequency bands elimination. Signal classification is then performed as a cluster analysis using Euclidian metrics where multiple alignment is replaced by dynamic time warping.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2013

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Sborník z konference: Student EEICT 2013

ISBN

978-80-214-4694-6

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

3

Strana od-do

185-187

Název nakladatele

VUT Brno

Místo vydání

Brno

Místo konání akce

Brno

Datum konání akce

26. 4. 2012

Typ akce podle státní příslušnosti

CST - Celostátní akce

Kód UT WoS článku

—