Analýza nukleotidových denzit jako metoda pro identifikaci organismů
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F13%3APU106783" target="_blank" >RIV/00216305:26220/13:PU106783 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Analýza nukleotidových denzit jako metoda pro identifikaci organismů
Popis výsledku v původním jazyce
Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikacistandardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou bezobratlí, ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a poku
Název v anglickém jazyce
Analysis of nucleotide density vectors as method for identification of organisms
Popis výsledku anglicky
Accurate, quick, and cheap identification of organism is still unavailable. There is lack of qualified taxonomists. Whole and preferably intact organism is needed for their work. Molecular biologists are developing methods for identification of organismsthrough analysis of their genomes or proteoms from small tissue sample. DNA barcoding is worldwide initiative for collecting, storing and analyzing of mitochondrial genes suitable of species identification. Gene cytochrome c oxidase subunit 1 is considered to be appropriate for animals identification. Our proposed method based on comparison of analyzed sequence nucleotide density with reference densities was tested on datasets from different groups of organisms like caddis flies, fish, amphibians, birds, and mammals. In most cases, the identification efficiency was 100.00 %. If the analyzed sequence did not belong to reference species it was identified as relative species with high probability.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GAP102%2F11%2F1068" target="_blank" >GAP102/11/1068: Nano-elektro-bio-nástroje pro biochemické a molekulárně-biologické studie eukaryotických buněk (NanoBioTECell)</a><br>
Návaznosti
S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
Nové směry v biomedicínském inženýrství
ISBN
978-80-214-4814-8
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
6
Strana od-do
8-13
Název nakladatele
Neuveden
Místo vydání
Brno
Místo konání akce
Brno
Datum konání akce
20. 11. 2013
Typ akce podle státní příslušnosti
CST - Celostátní akce
Kód UT WoS článku
—