BLAST Sequence Analyzer

Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F14%3APR27856" target="_blank" >RIV/00216305:26220/14:PR27856 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty" target="_blank" >http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty</a>
DOI - Digital Object Identifier
—

Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
BLAST Sequence Analyzer
Popis výsledku v původním jazyce
Software pro vizualizaci a úpravu sekvenovaných dat ve formátu *.scf. Program umožňuje načíst a porovnávat sekvenované nukleotidové sekvence z více běhů. Na základě těchto dat je sestavena konsensuální sekvence. Pomocí nástroje BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) jsou z databáze ncbi následně načteny sekvence, které jsou konsensu nejpodobnější. Uživatel má možnost prohlížet si interaktivně také flowgramy sekvenovaných dat. Na základě těchto informací může uživatel provádět editaci konsensuální sekvence. Výsledky editace včetně informací o nalezené BLAST sekvenci si poté může uživatel uložit ve formátu *.txt.
Název v anglickém jazyce
BLAST Sequence Analyzer
Popis výsledku anglicky
Software for visualizing and editing sequenced data in *.scf format. The program allows to read and compare the sequenced nucleotide strings from more runs and assemble consensus sequence. Application can find similar seqeunces in ncbi database via BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) nad also show flowgrams of sequenced data. Consensus sequence can be modified by user. The result consensus sequence and informations about the found BLAST sequence are saved as *.txt.

Projekt
<a href="/cs/project/GAP102%2F11%2F1068" target="_blank" >GAP102/11/1068: Nano-elektro-bio-nástroje pro biochemické a molekulárně-biologické studie eukaryotických buněk (NanoBioTECell)</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu
BLAST Sequence Analyzer
Technické parametry
Software byl realizován jako výsledek projektu GAČR Nano-elektro-bio-nástroje pro biochemické a molekulárně-biologické studie eukaryotických buněk (NanoBioTECell). Produkt je využíván na VUT v Brně a na Mendelově univerzitě, Ústav chemie a biochemie. Kompilátor Matlab Compiler s Visual C++. Pro spuštění programu je zapotřebí MCRrunTime knihovna. Software je volně stažitelný na adrese http://www.dbme.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty.
Ekonomické parametry
50.000 Kč
IČO vlastníka výsledku
00216305
Název vlastníka
Ústav biomedicínského inženýrství

Podobné výsledky(10)