Method for improving the consensus sequence from NGS data based on reads classification

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F19%3APU133506" target="_blank" >RIV/00216305:26220/19:PU133506 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://www.radio.feec.vutbr.cz/ieee/userfiles/downloads/archive/2019-Mikulov/sbornik.pdf" target="_blank" >http://www.radio.feec.vutbr.cz/ieee/userfiles/downloads/archive/2019-Mikulov/sbornik.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Method for improving the consensus sequence from NGS data based on reads classification

Popis výsledku v původním jazyce

Nowadays, next-generation sequencing is on the rise as a cost of sequencing is constantly dropping. However, the processing of the sequence data remains problematic as the algorithms for reference-based assembly are both computationally and time-demanding. Moreover, resulting assembly is still imperfect. In this paper, we present a new method for improving the quality of the consensus sequence from the assembled data. We examine the regions in the consensus sequence, which show a high number of ambiguous nucleotides. Using a classification of reads covering these regions, we try to reduce the number of ambiguous nucleotides in the consensus. This improved consensus sequence then can be used for bacteria typing and precise discrimination of bacteria strains.

Název v anglickém jazyce

Method for improving the consensus sequence from NGS data based on reads classification

Popis výsledku anglicky

Nowadays, next-generation sequencing is on the rise as a cost of sequencing is constantly dropping. However, the processing of the sequence data remains problematic as the algorithms for reference-based assembly are both computationally and time-demanding. Moreover, resulting assembly is still imperfect. In this paper, we present a new method for improving the quality of the consensus sequence from the assembled data. We examine the regions in the consensus sequence, which show a high number of ambiguous nucleotides. Using a classification of reads covering these regions, we try to reduce the number of ambiguous nucleotides in the consensus. This improved consensus sequence then can be used for bacteria typing and precise discrimination of bacteria strains.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])

Projekt

<a href="/cs/project/GA17-01821S" target="_blank" >GA17-01821S: Výkonnostní techniky pro sestavování a anotaci bakteriálního genomu využívající číslicové zpracování genomických signálů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Proceedings of IEEE Student Branch Conference Mikulov 2019

ISBN

978-80-214-5781-2

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

6-9

Název nakladatele

Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií

Místo vydání

Brno

Místo konání akce

Mikulov, Czech republic

Datum konání akce

9. 9. 2019

Typ akce podle státní příslušnosti

EUR - Evropská akce

Kód UT WoS článku

—