PhylogenTree Analyzer

Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F14%3APR27862" target="_blank" >RIV/00216305:26220/14:PR27862 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty" target="_blank" >http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty</a>
DOI - Digital Object Identifier
—

Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
PhylogenTree Analyzer
Popis výsledku v původním jazyce
Software opatřen uživatelským rozhraním umožňující ze souboru biologických sekvencí ve FASTA souboru vykreslit a analyzovat fylogenetický strom na základě nastavitelných parametrů (statistická metoda, distanční model, skórovací matice, počet replikací, počet aktivních sekvencí). Veškeré fylogenetické stromy, či analýzy založené na nich, jsou konstruovány pomocí metody Neighbor-Joining. Využívanými statistickými metodami jsou Bootstrapping, Jackknifing, OTU Jackknifing, permutation tail probability test.
Název v anglickém jazyce
PhylogenTree Analyzer
Popis výsledku anglicky
Software with a user interface allow to plot and analyze phylogenetic tree based on biological sequences in FASTA file with adjustable parameters (statistical method, distance model, scoring matrix, number of replications, number of active sequences). All phylogenetic trees and analyzes based upon them are constructed using the neighbor-joining method. Used statistical methods are Bootstrapping, Jackknifing, OTU Jackknifing, permutation tail probability test.

Projekt
<a href="/cs/project/GAP102%2F11%2F1068" target="_blank" >GAP102/11/1068: Nano-elektro-bio-nástroje pro biochemické a molekulárně-biologické studie eukaryotických buněk (NanoBioTECell)</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu
PhylogenTree Analyzer
Technické parametry
Software byl realizován jako výsledek projektu GAČr Nano-elektro-bio-nástroje pro biochemické a molekulárně-biologické studie eukaryotických buněk (NanoBioTECell). Produkt je využíván na VUT v Brně a na Mendelově univerzitě, Ústav chemie a biochemie. Prospuštění programu je zapotřebí MATLAB 2012b nebo novější verze. Software je volně stažitelný na adrese http://www.dbme.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty.
Ekonomické parametry
50 000 Kč
IČO vlastníka výsledku
00216305
Název vlastníka
Ústav biomedicínského inženýrství

Podobné výsledky(10)