Alignment - free Visualization of Metagenomic Data by Genomic Signal Processing

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F16%3APU119021" target="_blank" >RIV/00216305:26220/16:PU119021 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Alignment - free Visualization of Metagenomic Data by Genomic Signal Processing

Popis výsledku v původním jazyce

Alignment-free visualization of metagenomic data without prior knowledge about organism composition is one of the major issues in metagenomic bioinformatics. Such a visualization method must place fragments from one organism in close proximity to each other, be reproducible and with rapidly increasing amount of data also work ideally in linear time. A novel technique fulfilling all of these requirements is introduced in this paper. The method is based on transformation of genomic sequence into phase signal representation with extraction of three Hjorth’s descriptors forming three dimensional space for visualization.

Název v anglickém jazyce

Alignment - free Visualization of Metagenomic Data by Genomic Signal Processing

Popis výsledku anglicky

Alignment-free visualization of metagenomic data without prior knowledge about organism composition is one of the major issues in metagenomic bioinformatics. Such a visualization method must place fragments from one organism in close proximity to each other, be reproducible and with rapidly increasing amount of data also work ideally in linear time. A novel technique fulfilling all of these requirements is introduced in this paper. The method is based on transformation of genomic sequence into phase signal representation with extraction of three Hjorth’s descriptors forming three dimensional space for visualization.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

—

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2016

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Proceedings of the 22nd Conference STUDENT EEICT 2016

ISBN

978-80-214-5350-0

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

3

Strana od-do

247-249

Název nakladatele

Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních

Místo vydání

Brno

Místo konání akce

Brno

Datum konání akce

28. 4. 2016

Typ akce podle státní příslušnosti

CST - Celostátní akce

Kód UT WoS článku

—