Signal Based Processing of Metagenomic Data from Nanopore Sequencing

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F17%3APU123499" target="_blank" >RIV/00216305:26220/17:PU123499 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://www.utee.feec.vutbr.cz/eeict/2017/EEICT%202017-sborn%C3%ADk-komplet.pdf" target="_blank" >http://www.utee.feec.vutbr.cz/eeict/2017/EEICT%202017-sborn%C3%ADk-komplet.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Signal Based Processing of Metagenomic Data from Nanopore Sequencing

Popis výsledku v původním jazyce

The revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION holds a great promise in the field of metagenomics due to its low cost, produced long reads and small size, which makes it available also for field work. The only problem preventing this technology from reaching its full potential is the lack of available computational tools for handling the produced data. Here we present an algorithm for processing of the raw signal sequences generated by nanopore sequencing for metagenomic purposes allowing to remove viral sequences from a contaminated metagenomic sample.

Název v anglickém jazyce

Signal Based Processing of Metagenomic Data from Nanopore Sequencing

Popis výsledku anglicky

The revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION holds a great promise in the field of metagenomics due to its low cost, produced long reads and small size, which makes it available also for field work. The only problem preventing this technology from reaching its full potential is the lack of available computational tools for handling the produced data. Here we present an algorithm for processing of the raw signal sequences generated by nanopore sequencing for metagenomic purposes allowing to remove viral sequences from a contaminated metagenomic sample.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

—

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2017

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Proceedings of the 23rd Conference STUDENT EEICT 2017

ISBN

978-80-214-5496-5

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

694

Strana od-do

324-328

Název nakladatele

Neuveden

Místo vydání

Brno

Místo konání akce

Brno

Datum konání akce

27. 4. 2017

Typ akce podle státní příslušnosti

CST - Celostátní akce

Kód UT WoS článku

—