Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

The identification of replication origin in bacterial genomes by cumulated phase signal

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F17%3APU124947" target="_blank" >RIV/00216305:26220/17:PU124947 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/8058561/" target="_blank" >http://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/8058561/</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1109/CIBCB.2017.8058561" target="_blank" >10.1109/CIBCB.2017.8058561</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    The identification of replication origin in bacterial genomes by cumulated phase signal

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The origin of replication (oriC) plays an important role in the cell cycle as the place where DNA replication is initiated. In bacterial cells, a single replication origin can be found and its correct identification is necessary in the annotation process of newly sequenced genomes. Although the rearrangement of a whole genome sequence according to oriC should be a standard procedure, public databases still contain lots of genomes starting at a random place. This situation complicates the comparative analysis of whole bacterial genomes as only two genomes rearranged according to oriC can be reliably aligned. In this paper, we present a novel technique for oriC prediction based exclusively on utilization of cumulated phase signal which distinguishes our approach from current techniques combining application of genomic signal processing techniques with a standard character based comparison. Proposed technique is therefore fast and suitably complements the current pipeline for comparison of whole bacterial genomes by aligned downsampled signals.

  • Název v anglickém jazyce

    The identification of replication origin in bacterial genomes by cumulated phase signal

  • Popis výsledku anglicky

    The origin of replication (oriC) plays an important role in the cell cycle as the place where DNA replication is initiated. In bacterial cells, a single replication origin can be found and its correct identification is necessary in the annotation process of newly sequenced genomes. Although the rearrangement of a whole genome sequence according to oriC should be a standard procedure, public databases still contain lots of genomes starting at a random place. This situation complicates the comparative analysis of whole bacterial genomes as only two genomes rearranged according to oriC can be reliably aligned. In this paper, we present a novel technique for oriC prediction based exclusively on utilization of cumulated phase signal which distinguishes our approach from current techniques combining application of genomic signal processing techniques with a standard character based comparison. Proposed technique is therefore fast and suitably complements the current pipeline for comparison of whole bacterial genomes by aligned downsampled signals.

Klasifikace

  • Druh

    D - Stať ve sborníku

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/GA17-01821S" target="_blank" >GA17-01821S: Výkonnostní techniky pro sestavování a anotaci bakteriálního genomu využívající číslicové zpracování genomických signálů</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2017

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název statě ve sborníku

    2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB)

  • ISBN

    978-1-4673-8988-4

  • ISSN

  • e-ISSN

  • Počet stran výsledku

    5

  • Strana od-do

    267-271

  • Název nakladatele

    IEEE

  • Místo vydání

    neuveden

  • Místo konání akce

    Manchester

  • Datum konání akce

    23. 8. 2017

  • Typ akce podle státní příslušnosti

    WRD - Celosvětová akce

  • Kód UT WoS článku

    000463852500041