The identification of replication origin in bacterial genomes by cumulated phase signal
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F17%3APU124947" target="_blank" >RIV/00216305:26220/17:PU124947 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/8058561/" target="_blank" >http://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/8058561/</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1109/CIBCB.2017.8058561" target="_blank" >10.1109/CIBCB.2017.8058561</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
The identification of replication origin in bacterial genomes by cumulated phase signal
Popis výsledku v původním jazyce
The origin of replication (oriC) plays an important role in the cell cycle as the place where DNA replication is initiated. In bacterial cells, a single replication origin can be found and its correct identification is necessary in the annotation process of newly sequenced genomes. Although the rearrangement of a whole genome sequence according to oriC should be a standard procedure, public databases still contain lots of genomes starting at a random place. This situation complicates the comparative analysis of whole bacterial genomes as only two genomes rearranged according to oriC can be reliably aligned. In this paper, we present a novel technique for oriC prediction based exclusively on utilization of cumulated phase signal which distinguishes our approach from current techniques combining application of genomic signal processing techniques with a standard character based comparison. Proposed technique is therefore fast and suitably complements the current pipeline for comparison of whole bacterial genomes by aligned downsampled signals.
Název v anglickém jazyce
The identification of replication origin in bacterial genomes by cumulated phase signal
Popis výsledku anglicky
The origin of replication (oriC) plays an important role in the cell cycle as the place where DNA replication is initiated. In bacterial cells, a single replication origin can be found and its correct identification is necessary in the annotation process of newly sequenced genomes. Although the rearrangement of a whole genome sequence according to oriC should be a standard procedure, public databases still contain lots of genomes starting at a random place. This situation complicates the comparative analysis of whole bacterial genomes as only two genomes rearranged according to oriC can be reliably aligned. In this paper, we present a novel technique for oriC prediction based exclusively on utilization of cumulated phase signal which distinguishes our approach from current techniques combining application of genomic signal processing techniques with a standard character based comparison. Proposed technique is therefore fast and suitably complements the current pipeline for comparison of whole bacterial genomes by aligned downsampled signals.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
—
OECD FORD obor
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA17-01821S" target="_blank" >GA17-01821S: Výkonnostní techniky pro sestavování a anotaci bakteriálního genomu využívající číslicové zpracování genomických signálů</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2017
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB)
ISBN
978-1-4673-8988-4
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
5
Strana od-do
267-271
Název nakladatele
IEEE
Místo vydání
neuveden
Místo konání akce
Manchester
Datum konání akce
23. 8. 2017
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
000463852500041