Application of Optimization Algorithms to the Genome Assembly

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F18%3APU127740" target="_blank" >RIV/00216305:26220/18:PU127740 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Application of Optimization Algorithms to the Genome Assembly

Popis výsledku v původním jazyce

The paper results from development of new sequencing methods together with the need of suitable genome assembly algorithms. It combines the genomic signal processing, correlation techniques and optimization algorithms for solving assembly task. Genomic signals are made by conversion of letter-based DNA into the form of digital signal, thus the methods of digital signal processing can be applied. Possible overlaps between reads converted into signals are found by computing correlation coefficient similarly to cross-correlation. We acquire simi-larity matrix and the task is to find the path through it achieving minimum distance criterion. For the task, the two optimization techniques were employed: ant colony optimization (ACO) and simulated annealing (SA). The result implies the possibility of using the ACO at the task of creating path through similarly to graph-theory-based algorithms.

Název v anglickém jazyce

Application of Optimization Algorithms to the Genome Assembly

Popis výsledku anglicky

The paper results from development of new sequencing methods together with the need of suitable genome assembly algorithms. It combines the genomic signal processing, correlation techniques and optimization algorithms for solving assembly task. Genomic signals are made by conversion of letter-based DNA into the form of digital signal, thus the methods of digital signal processing can be applied. Possible overlaps between reads converted into signals are found by computing correlation coefficient similarly to cross-correlation. We acquire simi-larity matrix and the task is to find the path through it achieving minimum distance criterion. For the task, the two optimization techniques were employed: ant colony optimization (ACO) and simulated annealing (SA). The result implies the possibility of using the ACO at the task of creating path through similarly to graph-theory-based algorithms.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/GA17-01821S" target="_blank" >GA17-01821S: Výkonnostní techniky pro sestavování a anotaci bakteriálního genomu využívající číslicové zpracování genomických signálů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Proceedings of the 24th Conference STUDENT EEICT 2018

ISBN

978-80-214-5614-3

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

5

Strana od-do

595-599

Název nakladatele

Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních

Místo vydání

Brno

Místo konání akce

Brno

Datum konání akce

26. 4. 2018

Typ akce podle státní příslušnosti

CST - Celostátní akce

Kód UT WoS článku

—