MY_UMI_TOOL: Processing of Unique Molecular Identifiers without Mapping to a Reference Genome
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F20%3APU138452" target="_blank" >RIV/00216305:26220/20:PU138452 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="https://www.fekt.vut.cz/conf/EEICT/archiv/sborniky/EEICT_2020_sbornik_2.pdf" target="_blank" >https://www.fekt.vut.cz/conf/EEICT/archiv/sborniky/EEICT_2020_sbornik_2.pdf</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
MY_UMI_TOOL: Processing of Unique Molecular Identifiers without Mapping to a Reference Genome
Popis výsledku v původním jazyce
The presented paper describes a novel algorithm for processing unique molecular identifiers (UMIs) without mapping to a reference genome. For the past few years, there has been a rapid rise in the use of sequencing technologies and progress in bioinformatics tools. However, available tools for processing UMIs are usually relative computationally demanding and time-consuming which led us to design and develop a new algorithm as well as to implement some available software to provide an effective estimation of the total number of unique molecules. My_UMI_tool performs four major steps: preprocessing of an input file, clustering by UMIs, clustering by sequence similarity, and marking duplicates to generate final file.
Název v anglickém jazyce
MY_UMI_TOOL: Processing of Unique Molecular Identifiers without Mapping to a Reference Genome
Popis výsledku anglicky
The presented paper describes a novel algorithm for processing unique molecular identifiers (UMIs) without mapping to a reference genome. For the past few years, there has been a rapid rise in the use of sequencing technologies and progress in bioinformatics tools. However, available tools for processing UMIs are usually relative computationally demanding and time-consuming which led us to design and develop a new algorithm as well as to implement some available software to provide an effective estimation of the total number of unique molecules. My_UMI_tool performs four major steps: preprocessing of an input file, clustering by UMIs, clustering by sequence similarity, and marking duplicates to generate final file.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
—
OECD FORD obor
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2020
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
PROCEEDINGS II OF THE 26TH CONFERENCE STUDENT EEICT 2020
ISBN
978-80-214-5868-0
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
4
Strana od-do
76-79
Název nakladatele
Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Místo vydání
Brno
Místo konání akce
BRNO
Datum konání akce
23. 4. 2020
Typ akce podle státní příslušnosti
CST - Celostátní akce
Kód UT WoS článku
000598376500020