Novel Computational Pipeline for Comparative Whole-Genome Methylation Profiling In Bacteria

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26220%2F26%3A0198646" target="_blank" >RIV/00216305:26220/26:0198646 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://international-aset.net/avestia.com/EECSS2025_Proceedings/files/paper/ICBES/ICBES_156.pdf" target="_blank" >https://international-aset.net/avestia.com/EECSS2025_Proceedings/files/paper/ICBES/ICBES_156.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.11159/icbes25.156" target="_blank" >10.11159/icbes25.156</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Novel Computational Pipeline for Comparative Whole-Genome Methylation Profiling In Bacteria

Popis výsledku v původním jazyce

DNA methylation is an important epigenetic mechanism in bacteria, involved in processes such as gene regulation, virulence, and antimicrobial resistance. Despite advances in long-read sequencing technologies, comparing methylation patterns across multiple bacterial strains remains challenging, largely due to genomic variability and the lack of standardized analytical approaches. In this study, we present a novel pipeline for the analysis of DNA methylation in Klebsiella pneumoniae using data from nanopore sequencing. The workflow supports two alignment strategies: mapping to a universal reference genome or to a sample-specific reference constructed de novo. This flexible approach enables both broad inter-strain comparisons and detailed strain-specific analyses, facilitating consistent and interpretable investigation of methylation patterns across diverse bacterial genomes.

Název v anglickém jazyce

Novel Computational Pipeline for Comparative Whole-Genome Methylation Profiling In Bacteria

Popis výsledku anglicky

DNA methylation is an important epigenetic mechanism in bacteria, involved in processes such as gene regulation, virulence, and antimicrobial resistance. Despite advances in long-read sequencing technologies, comparing methylation patterns across multiple bacterial strains remains challenging, largely due to genomic variability and the lack of standardized analytical approaches. In this study, we present a novel pipeline for the analysis of DNA methylation in Klebsiella pneumoniae using data from nanopore sequencing. The workflow supports two alignment strategies: mapping to a universal reference genome or to a sample-specific reference constructed de novo. This flexible approach enables both broad inter-strain comparisons and detailed strain-specific analyses, facilitating consistent and interpretable investigation of methylation patterns across diverse bacterial genomes.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/GA23-05845S" target="_blank" >GA23-05845S: Určování infekčních hrozeb v reálném čase ze surových nanoporových signálů pomocí technik strojového učení</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2025

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Proceedings of the World Congress on Electrical Engineering and Computer Systems and Science

ISBN

978-1-990800-61-0

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

—

Název nakladatele

Avestia Publishing

Místo vydání

—

Místo konání akce

Paříž

Datum konání akce

17. 8. 2025

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—