Gene Ontology Driven Feature Filtering from Microarray Data

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26230%2F10%3APU86238" target="_blank" >RIV/00216305:26230/10:PU86238 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Gene Ontology Driven Feature Filtering from Microarray Data

Popis výsledku v původním jazyce

Microarray data is high-dimensional and noisy. Dimension reduction, i.e. selecting a small number of genes, is an effective way to improve mining efficiency. We propose a novel approach that integrates gene ontology knowledge at the level of feature selection into microarray data to improve binary class prediction. The advantage of this filtering approach lies in considering gene-to-gene relations and selecting more meaningful features comparing to the methods evaluating genes in isolation. In addition,gene ontology knowledge can overcome the limitations of noisy microarray data. Our approach is evaluated on a real benchmark dataset.

Název v anglickém jazyce

Gene Ontology Driven Feature Filtering from Microarray Data

Popis výsledku anglicky

Microarray data is high-dimensional and noisy. Dimension reduction, i.e. selecting a small number of genes, is an effective way to improve mining efficiency. We propose a novel approach that integrates gene ontology knowledge at the level of feature selection into microarray data to improve binary class prediction. The advantage of this filtering approach lies in considering gene-to-gene relations and selecting more meaningful features comparing to the methods evaluating genes in isolation. In addition,gene ontology knowledge can overcome the limitations of noisy microarray data. Our approach is evaluated on a real benchmark dataset.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

JC - Počítačový hardware a software

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/2B06052" target="_blank" >2B06052: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Znalosti 2010

ISBN

978-80-245-1636-3

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

—

Název nakladatele

NEUVEDEN

Místo vydání

Jindřichův Hradec

Místo konání akce

Jindřichův Hradec

Datum konání akce

3. 2. 2010

Typ akce podle státní příslušnosti

CST - Celostátní akce

Kód UT WoS článku

—