Architecture Model for Approximate Tandem Repeat Detection

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26230%2F11%3APU96097" target="_blank" >RIV/00216305:26230/11:PU96097 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216224:14330/11:00050002

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Architecture Model for Approximate Tandem Repeat Detection

Popis výsledku v původním jazyce

Algorithms for biological sequence analysis, such as approximate string matching or algorithms for identification of sequence patterns supporting specific structural elements, present good opportunities for hardware acceleration. Implementation of thesealgorithms often results in architectures based on multidimensional arrays of computing elements. Mapping effectively these computational structures on FPGAs remains one of the challenging problems. This paper focuses on a specific hardware architecturefor detection of approximate tandem repeats in sequences. We show how to create a parametrized architecture model combined with an automatic technique that can determine appropriate circuit dimensions with respect to input task parameters and the targetplatform properties.

Název v anglickém jazyce

Architecture Model for Approximate Tandem Repeat Detection

Popis výsledku anglicky

Algorithms for biological sequence analysis, such as approximate string matching or algorithms for identification of sequence patterns supporting specific structural elements, present good opportunities for hardware acceleration. Implementation of thesealgorithms often results in architectures based on multidimensional arrays of computing elements. Mapping effectively these computational structures on FPGAs remains one of the challenging problems. This paper focuses on a specific hardware architecturefor detection of approximate tandem repeats in sequences. We show how to create a parametrized architecture model combined with an automatic technique that can determine appropriate circuit dimensions with respect to input task parameters and the targetplatform properties.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/GA204%2F08%2F1560" target="_blank" >GA204/08/1560: Bioinformatická a experimentální identifikace nekanonických struktur v genomové DNA</a><br>

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2011

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

22nd IEEE International Conference on Application-specific Systems, Architectures and Processors

ISBN

978-1-4577-1290-6

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

239-242

Název nakladatele

IEEE Computer Society

Místo vydání

Santa Monica, California

Místo konání akce

Santa Monica, California

Datum konání akce

11. 9. 2011

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—