SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26230%2F21%3APR36230" target="_blank" >RIV/00216305:26230/21:PR36230 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://loschmidt.chemi.muni.cz/soluprot/" target="_blank" >https://loschmidt.chemi.muni.cz/soluprot/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli

Popis výsledku v původním jazyce

A new tool for sequence-based prediction of soluble protein expression in Escherichia coli, SoluProt, was created using the gradient boosting machine technique with the TargetTrack database as a training set. When evaluated against a balanced independent test set derived from the NESG database, SoluProts accuracy of 58.4% and AUC of 0.60 exceeded those of a suite of alternative solubility prediction tools. There is also evidence that it could significantly increase the success rate of experimental protein studies. SoluProt is freely available as a standalone program and a user-friendly webserver at https://loschmidt.chemi.muni.cz/soluprot/.

Název v anglickém jazyce

SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli

Popis výsledku anglicky

A new tool for sequence-based prediction of soluble protein expression in Escherichia coli, SoluProt, was created using the gradient boosting machine technique with the TargetTrack database as a training set. When evaluated against a balanced independent test set derived from the NESG database, SoluProts accuracy of 58.4% and AUC of 0.60 exceeded those of a suite of alternative solubility prediction tools. There is also evidence that it could significantly increase the success rate of experimental protein studies. SoluProt is freely available as a standalone program and a user-friendly webserver at https://loschmidt.chemi.muni.cz/soluprot/.

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

20206 - Computer hardware and architecture

Projekt

—

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

SoluProt

Technické parametry

Pro informace o licenčních podmínkách prosím kontaktujte: Mgr. Radka Báčová, Výzkumné centrum informačních technologií, Fakulta informačních technologií VUT v Brně, Božetěchova 2, 612 66 Brno, 541 141 473.

Ekonomické parametry

SoluProt je poskytován jako nezisková webová služba pro vědeckou komunitu.

IČO vlastníka výsledku

00216305

Název vlastníka

Vysoké učení technické v Brně