Molekulárně genetická analýza populací Pseudoperonospora humuli v oblastech pěstování chmele v České republice

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F14864347%3A_____%2F18%3AN0000091" target="_blank" >RIV/14864347:_____/18:N0000091 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://cskor.mendelu.cz/" target="_blank" >http://cskor.mendelu.cz/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Molekulárně genetická analýza populací Pseudoperonospora humuli v oblastech pěstování chmele v České republice

Popis výsledku v původním jazyce

WERSCHALLOVÁ, Markéta, Josef PATZAK a Alena HENYCHOVÁ. Molekulárně genetická analýza populací Pseudoperonospora humuli v oblastech pěstování chmele v České republice / Molecular genetic analysis of Pseudoperonospora humuli populations in hop growing regions in the Czech Republic. In: H. ŠEFROVÁ, I. ŠAFRÁNKOVÁ, eds. XXI. Česká a slovenská konference o ochraně rostlin: Sborník abstraktů z konference konané 5. - 6. září 2018. Brno: Mendelova univerzita v Brně, 2018, s. 71. ISBN 978-80-7509-562-6. Pseudoperonospora humuli je obligátní biotrofní patogen způsobující velké ztráty na výnosu a kvalitě sklizeného chmele. Vzhledem k úplné nutriční závislosti na hostitelské rostlině je dostupné jen velmi málo molekulárně-genetických dat pro genomovou a populační analýzu. Populace P. humuli z území České republiky byly analyzovány ke zjištění molekulárně genetické variability pomocí metody PCR prostřednictvím vybraných genových lokusů a screeningu již publikovaných mikrosatelitních sekvencí. Sběr izolátů (klasovitých výhonů) P. humuli byl prováděn na jaře v letech 2017–2018. V roce 2017 byl prováděn sběr v žatecké pěstitelské oblasti, v roce 2018 byly odebírány klasovité výhony ze všech pěstitelských oblastí. Klasovité výhony byly odebírány převážně z odrůd náchylných k P. humuli. DNA extrakce byla provedena pomocí dvou komerčních kitů, DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen) a EZNA Fungal DNA Mini Kit (Omega). Vyizolovaná DNA byla použita k PCR amplifikaci fragmentů genů pro ITS regiony, β-tubulin a cytochrom c oxidázy ve formách cox2, cox2-cox1 mezerníku a cox1 pomocí specifických primerových kombinací k ověření specifity. Dále bylo testováno 18 SSR mikrosatelitních markerů ve formátu PAGE. Ve výsledku se genetická struktura populací získaných z pěstitelských oblastí žatecka, úštěcka a tršicka lišila jen velmi málo a nebyla zde detekována výrazná nukleotidová variabilita zkoumaných lokusů. Ze získaných výsledků lze usuzovat, že na území chmelařských oblastí ČR není mezi jednotlivými izoláty nukleotidová variabilita. Je proto nutné se zaměřit na analýzu jiných lokalit a prověřit i další lokusy genů a mikrosatelitní markery.

Název v anglickém jazyce

Molecular genetic analysis of Pseudoperonospora humuli populations in hop growing regions in the Czech Republic

Popis výsledku anglicky

WERSCHALLOVÁ, Markéta, Josef PATZAK a Alena HENYCHOVÁ. Molekulárně genetická analýza populací Pseudoperonospora humuli v oblastech pěstování chmele v České republice / Molecular genetic analysis of Pseudoperonospora humuli populations in hop growing regions in the Czech Republic. In: H. ŠEFROVÁ, I. ŠAFRÁNKOVÁ, eds. XXI. Česká a slovenská konference o ochraně rostlin: Sborník abstraktů z konference konané 5. - 6. září 2018. Brno: Mendelova univerzita v Brně, 2018, s. 71. ISBN 978-80-7509-562-6. Hop downy mildew Pseudoperonospora humuli is an obligate biotrophic oomycete pathogen, causing severe yield and quality losses of hops. Obligate nature of the causal agent causes that there are available only few molecular genetic data for genomic and population analyses. P. humuli populations from the Czech Republic were analyzed for genetic variation using certain gene loci and screening of microsatellites (SSRs). Isolates of P. humuli were collected during the spring season 2017–2018 from commercial fields. Basal spikes were collected from Žatec region in 2017, and from all hop growing regions in 2018. Spikes were collected mainly from sensitive cultivars. DNA was extracted directly from mycelium using DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen) and EZNA Fungal DNA Mini Kit (Omega). The internal transcribed spacers of nuclear ribosomal DNA (ITS) region, β-tubulin gene (β-tub), and the cytochrome c oxidase (cox) cluster (cox2, cox2-cox1 spacer and cox1) were amplified with the specific primers to evaluate the specification of primers. We also used markers such as SSRs and tested 18 of them by electrophoresis in PAGE. The genetic structure of the CR populations differed a little and there was no detectable nucleotide variation in selected loci. It is suggested that P. humuli populations have clonal character in the CR. It is important to analyze more isolates from other regions and examined different genes and SSRs.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů