Identifikace genotypů fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´ za použití genu imp a jejich geografické rozšíření v České republice

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F19%3AN0000150" target="_blank" >RIV/25271121:_____/19:N0000150 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Identifikace genotypů fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´ za použití genu imp a jejich geografické rozšíření v České republice

Popis výsledku v původním jazyce

Práce shrnuje výsledky studia genetické variability fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´na území České republiky za použití genu imp kódujícího imunodominantní membránový protein. Z 98 vzorků pozitivních na přítomnost ´Candidatus Phytoplasma mali‘ bylo úspěšně získáno 81 sekvencí genu imp. Na základě srovnání sekvencí bylo definováno celkem 7 různých imp genotypů ve dvou skupinách označených A1 až A3 a B1 až B4, z nichž tři (A2, A3 a B2) byly popsány vůbec poprvé. Zachyceno bylo také značné množství směsných infekcí více genotypů imp, celkem v 15 vzorcích (18,5 %). Sekvenční podobnost jednotlivých genotypů genu imp se u ´Candidatus Phytoplasma mali´ pohybovala v rozmezí od 90,5 % do 99,8 %. Na základě pozorovatelných symptomů nelze s jistotou stanovit, zda jsou jabloně fytoplazmou infikovány, neboť 63,6 % negativních vzorků na přítomnost fytoplazmy bylo symptomatických a 41,1 % fytoplazma-pozitivních vzorků nevykazovalo symptomy. Korelace mezi imp genotypem ´Candidatus Phytoplasma mali´ a typem symptomů nebyla též prokázána.

Název v anglickém jazyce

Identification of ´Candidatus Phytoplasma mali´ genotypes using imp gene and their geographical distribution in the Czech Republic

Popis výsledku anglicky

The work summarizes the results of the study of genetic variability of ´Candidatus Phytoplasma mali´in the Czech Republic using imp gene that codes immunodominant membrane protein. Eightyone imp gene sequences were obtained out of 98 phytoplasma positive samples. Based on the sequence alignment, seven distinct imp genotypes were defined belonging to two groups: A1 to A3, and B1 to B4. Interestingly, three imp genotypes (A2, A3, and B2) have been described for the first time. In 15 samples (18.5 %), mixed infections of various imp genotypes were noticed. Sequence similarity between ´Candidatus Phytoplasma mali´ imp genotypes was 90.5 % to 99.8 %. Based on symptoms assessment, it is impossible to discriminate infected trees from uninfected with certainty, since 63.6 % phytoplasma negative samples showed symptoms, while 41.1 % phytoplasma positive samples were asymptomatic. A correlation between ´Candidatus Phytoplasma mali´ imp genotype and symptoms was not observed.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

10609 - Biochemical research methods

Projekt

<a href="/cs/project/LO1608" target="_blank" >LO1608: Výzkumné ovocnářské centrum</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Vědecké práce ovocnářské

ISSN

0231-6900

e-ISSN

—

Svazek periodika

—

Číslo periodika v rámci svazku

26

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

117-124

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—