První zkušenosti s detekcí tcdB genu Clostridioides difficile pomocí Simplexa C. difficile Direct Kit

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F27283933%3A_____%2F19%3A00006658" target="_blank" >RIV/27283933:_____/19:00006658 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31266088" target="_blank" >https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31266088</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

První zkušenosti s detekcí tcdB genu Clostridioides difficile pomocí Simplexa C. difficile Direct Kit

Popis výsledku v původním jazyce

Cíl práce: Clostridioides difficile (dříve Clostridium difficile) je jedním z hlavních původců nozokomiálních nákaz současnosti. Kolonizuje střevo pacientů s antibiotickou léčbou a způsobuje nepříjemné až život ohrožující stavy (průjmy, toxické megakolon). Správná a rychlá detekce toxigenity kmene je zásadní pro terapii a izolační režim pacienta. Simplexa C. difficile Direct Kit je real-time PCR souprava detekující tcdB gen C. difficile. Souprava nevyžaduje izolaci DNA a do reakce je použit přímo eluát stolice. Cílem této práce bylo ověření analytických vlastností soupravy za podmínek použití ve třetím diagnostickém kroku (došetření vzorků s nejasnými výsledky). Jako referenční metoda byla použita kultivace s následnou multiplexní in-house PCR. Materiál a metody: Prospektivně bylo testováno 130 vzorků neformované stolice dvěma druhy imunoenzymatických souprav (C. diff Quik Chek Complete a LIAISON C. difficile GDH, C. difficile Toxins A&B). Třicet vzorků mělo nejasné (GDH TOX-, GDH-TOX ) výsledky alespoň jedním testem a jeden vzorek měl výsledky testů opačné (GDH-TOX- / GDH TOX ). Tyto vzorky byly kultivovány a testovány pomocí multiplexní in-house PCR a soupravou Simplexa. Výsledky: Souprava Simplexa dosáhla shodných výsledků s kultivací a následnou in-house PCR. Senzitivita, specificita, pozitivní prediktivní hodnota a negativní prediktivní hodnota byla ve vztahu k referenční metodě 100%. Vedlejším výsledkem této studie bylo porovnání soupravy C. diff Quik Chek Complete se soupravami LIAISON C. difficile GDH a LIAISON C. difficile Toxins A&B. Závěr: Analytické vlastnosti soupravy Simplexa byly testovány na 31 vzorcích. Tyto vzorky byly vybrány pro své nejasné (GDH TOX-, GDH-TOX ) nebo rozdílné výsledky po testování imunoenzymatickými metodami. V porovnání s kultivací a následnou in-house PCR detekcí genu tcdB, dosáhla souprava Simplexa vlastností deklarovaných výrobcem. Významným pozitivem soupravy byla absence inhibicí při přímém použití eluátu stolice do PCR reakce.

Název v anglickém jazyce

First experiences with detection of the tcdB gene of Clostridioides difficile using Simplexa C. difficile Direct Kit

Popis výsledku anglicky

OBJECTIVE: Clostridioides difficile (formerly Clostridium difficile) is one of the main pathogens causing nosocomial infections today. It colonizes the intestines of patients receiving antibiotic therapy, causing unpleasant or even life-threatening conditions (diarrhea, toxic megacolon). Rapid and correct detection of strain toxigenicity is essential for treatment and isolation of patients. Simplexa C. difficile Direct Kit is a real-time PCR kit detecting the tcdB gene of C. difficile. The kit does not require DNA isolation; stool eluates are directly used for the reaction. The study aimed to verify the analytical properties of the kit by its comparison with culture and in-house multiplex PCR methods. MATERIAL AND METHODS: A total of 130 unformed stool samples were prospectively tested using two immunoenzymatic kits (C. diff Quik Chek Complete and LIAISON C. difficile GDH, Toxins AandB). In 30 samples, the results were discrepant or unclear (GDH TOX-, GDH-TOX ) by at least one test; one sample yielded opposite test results (GDH-TOX-, GDH TOX ). These samples were cultured and tested using in-house multiplex PCR and the Simplexa kit. RESULTS: The Simplexa kit showed results consistent with those obtained by culture and subsequent in-house multiplex PCR. The sensitivity, specificity, positive predictive and negative predictive value were 100% with respect to the reference method. Another outcome of the study was comparison of the C. diff Quik Chek Complete kit with LIAISON C. difficile GDH and LIAISON C. difficile Toxins A&B kits. CONCLUSION: The analytical properties of the Simplexa kit were tested on 31 samples. These samples were selected for their unclear (GDH TOX-, GDH-TOX ) or discrepant results yielded by immunoenzymatic methods. Compared with culture and subsequent in-house PCR detection of the tcdB gene, the Simplexa kit showed properties declared by the manufacturer. An important advantage of the kit was the absence inhibitions when stool eluates were directly used for PCR reactions.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

10606 - Microbiology

Projekt

—

Návaznosti

V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů