Hairpin structures in DNA words
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F47813059%3A19240%2F05%3A%230002979" target="_blank" >RIV/47813059:19240/05:#0002979 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Hairpin structures in DNA words
Popis výsledku v původním jazyce
We formalize the notion of a DNA hairpin secondary structure, examining its mathematical properties. Two related secondary structures are also investigated, taking into the account imperfect bonds (bulges, mismatches) and multiple hairpins. We characterize maximal sets of hairpin-forming DNA sequences, as well as hairpin-free ones. We study their algebraic properties and their computational complexity. Related polynomial-time algorithms deciding hairpin-freedom of regular sets are presented. Finally, effective methods for design of long hairpin-free DNA words are given.
Název v anglickém jazyce
Hairpin structures in DNA words
Popis výsledku anglicky
We formalize the notion of a DNA hairpin secondary structure, examining its mathematical properties. Two related secondary structures are also investigated, taking into the account imperfect bonds (bulges, mismatches) and multiple hairpins. We characterize maximal sets of hairpin-forming DNA sequences, as well as hairpin-free ones. We study their algebraic properties and their computational complexity. Related polynomial-time algorithms deciding hairpin-freedom of regular sets are presented. Finally, effective methods for design of long hairpin-free DNA words are given.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
IN - Informatika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GP201%2F02%2FP079" target="_blank" >GP201/02/P079: Distribuované modely kognitivních výpočtů</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2005
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
In A. Carbone, N.A. Pierce (Eds.), DNA Computing, 11th Int. Meeting on DNA Computing, DNA 11
ISBN
978-3-540-34161-1
ISSN
0302-9743
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
13
Strana od-do
—
Název nakladatele
Springer-Verlag, LNCS
Místo vydání
Berlín
Místo konání akce
London, Canada
Datum konání akce
1. 1. 2006
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
—