A formal language analysis of dna hairpin structures

Kód výsledku v IS VaVaI

RIV/47813059:19240/06:#0002977 - isvavai.cz

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

A formal language analysis of dna hairpin structures

Popis výsledku v původním jazyce

We study algebraic and decision properties, finiteness and descriptional complexity of hairpin (-free) languages. We show an existence of polynomial-time algorithms deciding hairpin-freeness of regular and context-free sets. Two related DNA secondary structures are considered, taking into the account imperfect bonds (bulges, mismatches) and multiple hairpins. Finally, effective methods for design of long hairpin-free DNA words are given.

Název v anglickém jazyce

A formal language analysis of dna hairpin structures

Popis výsledku anglicky

We study algebraic and decision properties, finiteness and descriptional complexity of hairpin (-free) languages. We show an existence of polynomial-time algorithms deciding hairpin-freeness of regular and context-free sets. Two related DNA secondary structures are considered, taking into the account imperfect bonds (bulges, mismatches) and multiple hairpins. Finally, effective methods for design of long hairpin-free DNA words are given.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

GA201/06/0567: Bioinformatika a biovýpočty: souvislosti, modely a aplikace

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2006

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Fundamenta Informaticae

ISSN

0169-2968

e-ISSN

—

Svazek periodika

71

Číslo periodika v rámci svazku

4

Stát vydavatele periodika

PL - Polská republika

Počet stran výsledku

23

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—