Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Cost-effective straightforward method for captured whole mitogenome sequencing of ancient DNA

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F48511005%3A_____%2F20%3AN0000024" target="_blank" >RIV/48511005:_____/20:N0000024 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216224:14310/21:00120836

  • Výsledek na webu

    <a href="https://doi.org/10.1016/j.forsciint.2020.110638" target="_blank" >https://doi.org/10.1016/j.forsciint.2020.110638</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2020.110638" target="_blank" >10.1016/j.forsciint.2020.110638</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Cost-effective straightforward method for captured whole mitogenome sequencing of ancient DNA

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Working with mitochondrial DNA from highly degraded samples is challenging. We present a whole mitogenome Illumina-based sequencing method suitable for highly degraded samples. The method makes use of double-stranded library preparation with hybridization-based target enrichment. The aim of the study was to implement a new user-friendly method for analysing many ancient DNA samples at a low cost. The method combines the Swift 2S™ Turbo library preparation kit and xGen® panel for mitogenome enrichment. Swift allows to use low input of aDNA and own adapters and primers, handles inhibitors well, and has only two purification steps. xGen is straightforward to use and is able to leverage already pooled libraries. Given the ancient DNA is more challenging to work with, the protocol was developed with several improvements, especially multiplying DNA input in case of low concentration DNA extractions followed by AMPure® beads size selection and real-time pre-capture PCR monitoring in order to avoid cycle-optimization step. Nine out of eleven analysed samples successfully retrieved mitogenomes. Hence, our method provides an effective analysis of whole mtDNA, and has proven to be fast, cost-effective, straightforward, with utilisation in population-wide research of burial sites.

  • Název v anglickém jazyce

    Cost-effective straightforward method for captured whole mitogenome sequencing of ancient DNA

  • Popis výsledku anglicky

    Working with mitochondrial DNA from highly degraded samples is challenging. We present a whole mitogenome Illumina-based sequencing method suitable for highly degraded samples. The method makes use of double-stranded library preparation with hybridization-based target enrichment. The aim of the study was to implement a new user-friendly method for analysing many ancient DNA samples at a low cost. The method combines the Swift 2S™ Turbo library preparation kit and xGen® panel for mitogenome enrichment. Swift allows to use low input of aDNA and own adapters and primers, handles inhibitors well, and has only two purification steps. xGen is straightforward to use and is able to leverage already pooled libraries. Given the ancient DNA is more challenging to work with, the protocol was developed with several improvements, especially multiplying DNA input in case of low concentration DNA extractions followed by AMPure® beads size selection and real-time pre-capture PCR monitoring in order to avoid cycle-optimization step. Nine out of eleven analysed samples successfully retrieved mitogenomes. Hence, our method provides an effective analysis of whole mtDNA, and has proven to be fast, cost-effective, straightforward, with utilisation in population-wide research of burial sites.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>SC</sub> - Článek v periodiku v databázi SCOPUS

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/LM2015091" target="_blank" >LM2015091: Národní centrum lékařské genomiky</a><br>

  • Návaznosti

    V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Forensic Science International

  • ISSN

    0379-0738

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    319

  • Číslo periodika v rámci svazku

    110638

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    14

  • Strana od-do

  • Kód UT WoS článku

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85097778404