Detekce Armillaria cepistipes metodou loop-mediated isothermal amplification
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12220%2F19%3A43899532" target="_blank" >RIV/60076658:12220/19:43899532 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="https://digi.profipress.cz/katalog/detail/uroda" target="_blank" >https://digi.profipress.cz/katalog/detail/uroda</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Detekce Armillaria cepistipes metodou loop-mediated isothermal amplification
Popis výsledku v původním jazyce
Předmětem této práce je optimalizace metody loop-mediated isothermal amplification (LAMP) pro specifickou detekci václavky Armillaria cepistipes, kterou by bylo možné použít při terénních determinacích tohoto druhu. Tato houba je jedním ze sedmi druhů parazitických václavek, vyskytujících se zejména na jehličnatých stromech na celém území Evropy. Pro rozlišení jednotlivých druhů václavek na molekulární úrovni byly navrženy primery a asimilační sondy pro gen kódující translační elongační faktor 1-alfa (tefa). LAMP metoda byla optimalizována na přenosnou platformu Smart-DART (Diagenetix, USA), kterou lze využít k přímé a rychlé, druhově specifické detekci A. cepistipes ještě před objevením příznaků infekce napadených stromů václavkou díky vysoké citlivosti metody, detekující i nízké koncentrace (0,4 ng/µl) DNA izolované z rhizomorf.
Název v anglickém jazyce
Detection Armillaria cepistipes using loop-mediated isothermal method
Popis výsledku anglicky
The subject of study is optimization loop-mediated isothermal amplification method (LAMP) for field detection of the Armillaria cepistipes. This fungus is one of the Armillaria spp. parasitized coniferous stands in Europe. For complex differentiation of these species the translational elongation factor 1-alpha (tefa) gene was selected for the design of primers and assimilation probe. This method was optimized to the Smart-DART portable platform (Diagenetix, USA), which can be used in the field for rapid and specific detection of A. cepistipes. This method is highly sensitive with a detection limit of 0.4 ng /µl of DNA isolated from rhizomorph.
Klasifikace
Druh
J<sub>ost</sub> - Ostatní články v recenzovaných periodicích
CEP obor
—
OECD FORD obor
40102 - Forestry
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/QK1920412" target="_blank" >QK1920412: Mykoviry jako součást potenciálních biopreparátů v ochraně smrkových porostů proti václavkám</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2019
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Úroda
ISSN
0139-6013
e-ISSN
—
Svazek periodika
12
Číslo periodika v rámci svazku
LXVII
Stát vydavatele periodika
CZ - Česká republika
Počet stran výsledku
4
Strana od-do
231-234
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—