Martini Force Field Parameters for Glycolipids
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12310%2F13%3A43886364" target="_blank" >RIV/60076658:12310/13:43886364 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/67179843:_____/13:00424560
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct3009655" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/ct3009655</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct3009655" target="_blank" >10.1021/ct3009655</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Martini Force Field Parameters for Glycolipids
Popis výsledku v původním jazyce
We present an extension of the Martini coarse-grained force field to glycolipids. The glycolipids considered here are the glycoglycerolipids monogalactosyldiacylglycerol (MGDG), sulfoquinovosyldiacylglycerol (SQDG), digalactosyldiacylglycerol (DGDG), andphosphatidylinositol (PI) and its phosphorylated forms (PIP, PIP2), as well as the glycosphingolipids galactosylceramide (GCER) and monosialotetrahexosylganglioside (GM1). The parametrization follows the same philosophy as was used previously for lipids, proteins, and carbohydrates focusing on the reproduction of partitioning free energies of small compounds between polar and nonpolar solvents. Bonded parameters are optimized by comparison to lipid conformations sampled with an atomistic force field, in particular with respect to the representation of the most populated states around the glycosidic linkage. Simulations of coarse-grained glycolipid model membranes show good agreement with atomistic simulations as well as experimental da
Název v anglickém jazyce
Martini Force Field Parameters for Glycolipids
Popis výsledku anglicky
We present an extension of the Martini coarse-grained force field to glycolipids. The glycolipids considered here are the glycoglycerolipids monogalactosyldiacylglycerol (MGDG), sulfoquinovosyldiacylglycerol (SQDG), digalactosyldiacylglycerol (DGDG), andphosphatidylinositol (PI) and its phosphorylated forms (PIP, PIP2), as well as the glycosphingolipids galactosylceramide (GCER) and monosialotetrahexosylganglioside (GM1). The parametrization follows the same philosophy as was used previously for lipids, proteins, and carbohydrates focusing on the reproduction of partitioning free energies of small compounds between polar and nonpolar solvents. Bonded parameters are optimized by comparison to lipid conformations sampled with an atomistic force field, in particular with respect to the representation of the most populated states around the glycosidic linkage. Simulations of coarse-grained glycolipid model membranes show good agreement with atomistic simulations as well as experimental da
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION
ISSN
1549-9618
e-ISSN
—
Svazek periodika
9
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
15
Strana od-do
1694-1708
Kód UT WoS článku
000316168700040
EID výsledku v databázi Scopus
—