Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Force Field Comparison of GM1 in a DOPC Bilayer Validated with AFM and FRET Experiments

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388955%3A_____%2F19%3A00508974" target="_blank" >RIV/61388955:_____/19:00508974 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216224:14740/19:00107895

  • Výsledek na webu

    <a href="http://hdl.handle.net/11104/0299797" target="_blank" >http://hdl.handle.net/11104/0299797</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.9b05095" target="_blank" >10.1021/acs.jpcb.9b05095</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Force Field Comparison of GM1 in a DOPC Bilayer Validated with AFM and FRET Experiments

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The great physiological relevance of glycolipids is being increasingly recognized, and glycolipid interactions have been shown to be central to cell-cell recognition, neuronal plasticity, protein-ligand recognition, and other important processes. However, detailed molecular-level understanding of these processes remains to be fully resolved. Molecular dynamics simulations could reveal the details of the glycolipid interactions, but the results may be influenced by the choice of the employed force field. Here, we have compared the behavior and properties of GM1, a common, biologically important glycolipid, using the CHARMM36, OPLS, GROMOS, and Amber99-GLYCAMO6 (in bilayers comprising SLIPIDS and LIPID14 lipids) force fields in bilayers comprising 1,2-dioleoyl-snglycero-3-phosphocholine lipids and compared the results to atomic force microscopy and fluorescence resonance energy transfer experiments. We found discrepancies within the GM1 behavior displayed between the investigated force fields. Based on a direct comparison with complementary experimental results derived from fluorescence and AFM measurements, we recommend using the Amber99-GLYCAM force field in bilayers comprising LIPID14 or SLIPIDS lipids followed by CHARMM36 and OPLS force fields in simulations. The GROMOS force field is not recommended for reproducing the properties of the GM1 head group.

  • Název v anglickém jazyce

    Force Field Comparison of GM1 in a DOPC Bilayer Validated with AFM and FRET Experiments

  • Popis výsledku anglicky

    The great physiological relevance of glycolipids is being increasingly recognized, and glycolipid interactions have been shown to be central to cell-cell recognition, neuronal plasticity, protein-ligand recognition, and other important processes. However, detailed molecular-level understanding of these processes remains to be fully resolved. Molecular dynamics simulations could reveal the details of the glycolipid interactions, but the results may be influenced by the choice of the employed force field. Here, we have compared the behavior and properties of GM1, a common, biologically important glycolipid, using the CHARMM36, OPLS, GROMOS, and Amber99-GLYCAMO6 (in bilayers comprising SLIPIDS and LIPID14 lipids) force fields in bilayers comprising 1,2-dioleoyl-snglycero-3-phosphocholine lipids and compared the results to atomic force microscopy and fluorescence resonance energy transfer experiments. We found discrepancies within the GM1 behavior displayed between the investigated force fields. Based on a direct comparison with complementary experimental results derived from fluorescence and AFM measurements, we recommend using the Amber99-GLYCAM force field in bilayers comprising LIPID14 or SLIPIDS lipids followed by CHARMM36 and OPLS force fields in simulations. The GROMOS force field is not recommended for reproducing the properties of the GM1 head group.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10403 - Physical chemistry

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2019

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Physical Chemistry B

  • ISSN

    1520-6106

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    123

  • Číslo periodika v rámci svazku

    35

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    14

  • Strana od-do

    7504-7517

  • Kód UT WoS článku

    000484882800003

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85072335907