Benchmarking of Force Fields for MoleculeMembrane Interactions
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F14%3A33152311" target="_blank" >RIV/61989592:15310/14:33152311 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ct500419b" target="_blank" >http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ct500419b</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct500419b" target="_blank" >10.1021/ct500419b</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Benchmarking of Force Fields for MoleculeMembrane Interactions
Popis výsledku v původním jazyce
Studies of drugmembrane interactions witness an ever-growing interest, as penetration, accumulation, and positioning of drugs play a crucial role in drug delivery and metabolism in human body. Molecular dynamics simulations complement nicely experimentalmeasurements and provide us with new insight into drug-membrane interactions; however, the quality of the theoretical data dramatically depends on the quality of the force field used. We calculated the free energy profiles of 11 molecules through a model dimyristoylphosphatidylcholine (DMPC) membrane bilayer using five force fields, namely Berger, Slipids, CHARMM36, GAFFlipids, and GROMOS 43A1-S3. For the sake of comparison, we also employed the semicontinuous tool COSMOmic. High correlation was observed between theoretical and experimental partition coefficients (log K). Partition coefficients calculated by all-atomic force fields (Slipids, CHARMM36, and GAFFlipids) and COSMOmic differed by less than 0.75 log units from the experiment
Název v anglickém jazyce
Benchmarking of Force Fields for MoleculeMembrane Interactions
Popis výsledku anglicky
Studies of drugmembrane interactions witness an ever-growing interest, as penetration, accumulation, and positioning of drugs play a crucial role in drug delivery and metabolism in human body. Molecular dynamics simulations complement nicely experimentalmeasurements and provide us with new insight into drug-membrane interactions; however, the quality of the theoretical data dramatically depends on the quality of the force field used. We calculated the free energy profiles of 11 molecules through a model dimyristoylphosphatidylcholine (DMPC) membrane bilayer using five force fields, namely Berger, Slipids, CHARMM36, GAFFlipids, and GROMOS 43A1-S3. For the sake of comparison, we also employed the semicontinuous tool COSMOmic. High correlation was observed between theoretical and experimental partition coefficients (log K). Partition coefficients calculated by all-atomic force fields (Slipids, CHARMM36, and GAFFlipids) and COSMOmic differed by less than 0.75 log units from the experiment
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Chemical Theory and Computation
ISSN
1549-9618
e-ISSN
—
Svazek periodika
10
Číslo periodika v rámci svazku
9
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
4143-4151
Kód UT WoS článku
000341543000056
EID výsledku v databázi Scopus
—