Řídící software mikroskopu NanoTruth

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12520%2F19%3A43899673" target="_blank" >RIV/60076658:12520/19:43899673 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Řídící software mikroskopu NanoTruth

Popis výsledku v původním jazyce

Cílem projektu bylo konsolidovat některé algoritmy, které se používají při řízení mikroskopu NanoTruth a zpracování obrazu z něj. Podařilo se sestavit celý řídící software mikroskopu, který umožňuje řadu unikátních sběrů dat, z nichž nejnáročnější je časosběrná série proostřených snímků. Mikroskop má unikátní konstrukci s důrazem na co nejlepší mechanické řešení. Využívá také 47Mpix kameru, kterou zatím nepoužívá žádný mikroskop na světě. Software pracuje v operačním systému Linux implementovaném na mikro-superpočítač Jetson Xavier firmy Nvidia. Je možná nastavit expozici kamery, napětí na vysoce výkonné LED diodě, vyhledat pozice rovin zaostření a odhadnout jeho rozsah a nastavit rozsah z-scanu. Řízení kamery spočívá především v nastavení správné expozice. V horním pravém rohu je umístěn histogram, který se používá k nastavení rozsahu intenzit. Lze jej ale použít i k odhadu roviny zaostření, kdy se využívá faktu, že v rovině zaostření je rozdělení intenzit nejodlišnější od normálního rozdělení. Je umožněno řízení intenzity světla. Intermitentní světlo je zapnuto jen v době snímání a tím se minimalizuje poškození vzorku. Přes velmi vysokou intenzitu světla dosaženou na diodě je integrální množství dopadající energie menší než u běžné mikroskopie se stálým osvětlením.

Název v anglickém jazyce

Control software of the NanoTruth microscope

Popis výsledku anglicky

The aim of the project was to consolidate the algorithms that are used to control and process the NanoTruth microscope. The microscope control software has been assembled in order to allow a number of unique data collections, the most demanding of which is the time-lapse overfocused series of images. The microscope has a unique design with an emphasis on the best mechanical solution. It also uses a 47-Mpx camera that no microscope in the world has ever used. The software runs on a Linux operating system implemented on a Nvidia Jetson Xavier micro-supercomputer. It is possible to adjust the camera exposure, voltage on the high-power LED, find the positions and ranges of the focus planes, and set the z-scan range. Control of the camera is based mainly on setting the correct exposure. In the upper right corner, there is a histogram that is used to set the intensity range. However, camera control can also be used to estimate the focus plane using the fact that in the focus plane the intensity distribution is different from the normal distribution. Light intensity control is also possible. The intermittent light is only switched on at the time of scanning to minimize sample damage. Despite the very high light intensity achieved on the diode, the integral amount of incident energy is less than that of conventional microscopy with time-constant illumination.

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/TG03010027" target="_blank" >TG03010027: Posílení aktivit proof-of-concept na Jihočeské univerzitě</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Interní identifikační kód produktu

NanoTruth

Technické parametry

Více na http://www.auc.cz/software/doc/nanotruth.pdf. Osoba odpovědná pro jednání: Ing. Renata Rychtáriková, FROV JČU, Zámek 136, 373 33 Nové Hrady, email: rrychtarikova@frov.jcu.cz, telefon: +420 38777 3833

Ekonomické parametry

Jako součást mikroskopu NanoTruth je předpokládaný zisk desítky mil. EUR/rok.

IČO vlastníka výsledku

60076658

Název vlastníka

Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Fakulta rybářství a ochrany vod