CAMEX

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12520%2F20%3A43901552" target="_blank" >RIV/60076658:12520/20:43901552 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://auc.cz/software/2020.php" target="_blank" >http://auc.cz/software/2020.php</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

CAMEX

Popis výsledku v původním jazyce

Účelem CAMEXu je kalibrovat obrázky a vizuálně je analyzovat. Nástroj CAMEX umožňuje spustit složku se sekvencí primárních obrazových dat jako video. Primární obraz vybraný z videa lze dále analyzovat (prostřednictvím debayerizace, prahování, výběru oblasti zájmu roi, histogramu roi). Softwarový nástroj umožňuje pracovat s digitálním fotoaparátem. V tuto chvíli jsou ovladače kompatibilní s fotoaparáty značky Ximea. Hlavní využití CAMEXu je nicméně v kalibraci a korekci obrazu pomocí postupu uvedeného v Lonhus et al. Sci. Rep. 10, 18346, 2020. První výpočetním vstupem je sada spekter světla (např. zdroje světla mikroskopu) sbíraných při změně expozice kamery (mikroskopu). Tvar primárního světelného spektra je sejmut optovláknovým spektrofotometrem. Druhým výpočetním vstupem je sada snímků závislá na expozici kamery (mikroskopu). Světelná spektra a příslušné obrazy jsou číslovány postupně ve vzestupném pořadí. Algoritmus poté vytvoří pro každý pixel kalibrační křivku (světelná energie vs. intenzita pixelu). Jinými slovy, na pozici každého pixelu kamery se takto získá informace o odezvě celé optické dráhy a citlivosti pixelu kamery. Posledním vstupem algoritmu je (mikroskopická) sekvence primárních obrazových dat. Pomocí dalšího algoritmu získáme jako výstup sadu snímků, kde jsou oproti původním snímkům potlačeny optické vady jako vignetace, přítomnost nežádoucích částic prachu a elektrický šum fotoaparátu. Pozadí obrazu je tedy homogennější. Výstupy algoritmu lze uložit ve formátu desetinného čísla (v souborech *.mat). Pokud je jako výstup zvolen jakýkoliv obrazový formát, doporučuje se, aby výstupní obrazový signál měl vyšší (tj. 14- nebo 16-) bitovou hloubku než vstupní signál (ten má většinou 12 bitů).

Název v anglickém jazyce

CAMEX

Popis výsledku anglicky

The purpose of the CAMEX is to calibrate the images and analyze them visually. The CAMEX tool enables to launch a folder with a raw image sequence as a video. A raw image selected from the video can be further analyzed (via debayerization, thresholding, roi (region of interest) selection, histogram of the roi). The software tool allows to work with a digital camera. For the moment, the drivers are compatible with cameras of the Ximea brand. Nevertheless, the main utilization of the CAMEX is in image calibration and correction using a procedure presented in Lonhus et al. Sci. Rep. 10, 18346, 2020. As a first input, there is a set of spectra of light (e.g., of microscope light source) collected with the change of the (microscope) camera exposure. The shape of the primary light spectrum was snapped by an optic fibre spectrophotometer. The second input is a set of images of light depending on the (microscope) camera exposure. The light spectra and relevant images are numbered successively in ascending order. Then, the algorithm constructs a calibration curve (light energy vs. pixel intensity) for each pixel. In other words, at the position of each camera pixel, one will obtain a combined response of the whole optical path and the camera pixel sensitivity. The last algorithm input is a (microscope) raw image data sequence. In this way, as an output, one will obtain a set of images (in a raw format) where the optical vignetting, other optical path imperfections (e.g., dust), and camera electric noise are suppressed and, thus, the image background is more homogenous. The algorithm outputs (in the format of raw image) can be saved in the original double precision floating point format (in Matlab .mat files). If any image format is selected (from the toolbar options) as an output, the output image signal is recommended to have a higher (14 or 16) bit depth than the input signal (mostly 12 bits).

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Interní identifikační kód produktu

CAMEX

Technické parametry

Více na http://www.auc.cz/software/doc/camex.pdf. Osoba odpovědná pro jednání: Ing. Renata Rychtáriková, FROV JČU, Zámek 136, 373 33 Nové Hrady, email: rrychtarikova@frov.jcu.cz, telefon: +420 38777 3833

Ekonomické parametry

Jako součást pokročilý ovladač a systém zpracování obrazu jakékoliv kamery je předpokládaný zisk jednotky mil. EUR/rok.

IČO vlastníka výsledku

60076658

Název vlastníka

Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích