Využití metody MIS Sherlock pro charakterizaci druhové diverzity půdního bakteriálního společenstva

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F06%3A00040220" target="_blank" >RIV/60077344:_____/06:00040220 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Využití metody MIS Sherlock pro charakterizaci druhové diverzity půdního bakteriálního společenstva

Popis výsledku v původním jazyce

Půdní bakterie představují nejpočetnější složku edafonu. Identifikace a determinace neznámých mikroorganismů je důležitá pro pochopení funkce a vztahů v ekosystému. Dostupným systémem pro automatickou druhovou identifikaci mikroorganismů na základě analýzy mastných kyselin je MIS Sherlock (MIDI, Newark, DE, USA). Dominantní kmeny bakterií, vyizolované během terénního experimentu, byly identifikovány tímto systémem. Pomocí automatické identifikace systémem MIS Sherlock se podařilo určit 40% dominant do druhu. Dominanty bakterií, které nebyly automatickou identifikací určeny do druhu, byly dále determinovány pomocí klastrové analýzy (Dendrogram cluster analysis - DCA). Zpřesněnou determinací byla přiřazena druhová příslušnost 61% ze všech dominant. Taktoupřesněná data umožní vyšší efektivitu následných statistických analýz, které se týkají druhové diverzity bakteriálního společenstva.

Název v anglickém jazyce

Application of the MIS Sherlock method for strain diversity characterization of soil bacterial community

Popis výsledku anglicky

Soil bacteria represent the most numerous part of edaphon. Identification and determination of unknown microorganisms is very important to understand of their functions and interactions in the ecosystem. MIS Sherlock (MIDI), Newark, DE, USA) is system based on the fatty acids analysis and it is the most available system for automatic identification of microorganisms, to species level. Dominant bacterial strains, which had been isolated during the field trial, were identified with this system. Using theautomatic identification of MIS Sherlock system, 40% of bacterial dominants were determined to a species level. The dominant strains, which had not been identified to the species level, were subsequently determined by the Dendrogram Cluster Analysis (DCA). The specified determination assigned the species classification to 61% of all dominants. These specified data enable the higher efficiency of the subsequent statistical analyses of species diversity of the soil bacterial community.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

EH - Ekologie – společenstva

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2006

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Život v pode 7

ISBN

80-223-2162-1

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

20

Strana od-do

274-283

Název nakladatele

Československá spoločnosť mikrobiologická

Místo vydání

Bratislava

Místo konání akce

Bratislava

Datum konání akce

24. 1. 2006

Typ akce podle státní příslušnosti

EUR - Evropská akce

Kód UT WoS článku

—