Evolution of Tertiary Structure of Viral RNA Dependent Polymerases

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F14%3A00429370" target="_blank" >RIV/60077344:_____/14:00429370 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00027162:_____/14:#0001147 RIV/60460709:41340/14:65006 RIV/60076658:12310/14:43887336

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0096070" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0096070</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0096070" target="_blank" >10.1371/journal.pone.0096070</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Evolution of Tertiary Structure of Viral RNA Dependent Polymerases

Popis výsledku v původním jazyce

Viral RNA dependent polymerases (vRdPs) are present in all RNA viruses; unfortunately, their sequence similarity is too low for phylogenetic studies. Nevertheless, vRdP protein structures are remarkably conserved. In this study, we used the structural similarity of vRdPs to reconstruct their evolutionary history. The major strength of this work is in unifying sequence and structural data into a single quantitative phylogenetic analysis, using powerful a Bayesian approach. The resulting phylogram of vRdPs demonstrates that RNA-dependent DNA polymerases (RdDPs) of viruses within Retroviridae family cluster in a clearly separated group of vRdPs, while RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs) of dsRNA and +ssRNA viruses are mixed together. This evidence supports the hypothesis that RdRPs replicating +ssRNA viruses evolved multiple times from RdRPs replicating +dsRNA viruses, and vice versa. Moreover, our phylogram may be presented as a scheme for RNA virus evolution. The results are in concor

Název v anglickém jazyce

Evolution of Tertiary Structure of Viral RNA Dependent Polymerases

Popis výsledku anglicky

Viral RNA dependent polymerases (vRdPs) are present in all RNA viruses; unfortunately, their sequence similarity is too low for phylogenetic studies. Nevertheless, vRdP protein structures are remarkably conserved. In this study, we used the structural similarity of vRdPs to reconstruct their evolutionary history. The major strength of this work is in unifying sequence and structural data into a single quantitative phylogenetic analysis, using powerful a Bayesian approach. The resulting phylogram of vRdPs demonstrates that RNA-dependent DNA polymerases (RdDPs) of viruses within Retroviridae family cluster in a clearly separated group of vRdPs, while RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs) of dsRNA and +ssRNA viruses are mixed together. This evidence supports the hypothesis that RdRPs replicating +ssRNA viruses evolved multiple times from RdRPs replicating +dsRNA viruses, and vice versa. Moreover, our phylogram may be presented as a scheme for RNA virus evolution. The results are in concor

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

PLoS ONE

ISSN

1932-6203

e-ISSN

—

Svazek periodika

9

Číslo periodika v rámci svazku

5

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

14

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000336838000021

EID výsledku v databázi Scopus

—