In Depth Characterization of Repetitive DNA in 23 Plant Genomes Reveals Sources of Genome Size Variation in the Legume Tribe Fabeae
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F15%3A00454545" target="_blank" >RIV/60077344:_____/15:00454545 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61389030:_____/15:00454545
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0143424" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0143424</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0143424" target="_blank" >10.1371/journal.pone.0143424</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
In Depth Characterization of Repetitive DNA in 23 Plant Genomes Reveals Sources of Genome Size Variation in the Legume Tribe Fabeae
Popis výsledku v původním jazyce
The differential accumulation and elimination of repetitive DNA are key drivers of genome size variation in flowering plants, yet there have been few studies which have analysed how different types of repeats in related species contribute to genome sizeevolution within a phylogenetic context. This question is addressed here by conducting large-scale comparative analysis of repeats in 23 species from four genera of the monophyletic legume tribe Fabeae, representing a 7.6-fold variation in genome size. Phylogenetic analysis and genome size reconstruction revealed that this diversity arose from genome size expansions and contractions in different lineages during the evolution of Fabeae. Employing a combination of low-pass genome sequencing with novel bioinformatic approaches resulted in identification and quantification of repeats making up 55-83% of the investigated genomes. In turn, this enabled an analysis of how each major repeat type contributed to the genome size variation encounte
Název v anglickém jazyce
In Depth Characterization of Repetitive DNA in 23 Plant Genomes Reveals Sources of Genome Size Variation in the Legume Tribe Fabeae
Popis výsledku anglicky
The differential accumulation and elimination of repetitive DNA are key drivers of genome size variation in flowering plants, yet there have been few studies which have analysed how different types of repeats in related species contribute to genome sizeevolution within a phylogenetic context. This question is addressed here by conducting large-scale comparative analysis of repeats in 23 species from four genera of the monophyletic legume tribe Fabeae, representing a 7.6-fold variation in genome size. Phylogenetic analysis and genome size reconstruction revealed that this diversity arose from genome size expansions and contractions in different lineages during the evolution of Fabeae. Employing a combination of low-pass genome sequencing with novel bioinformatic approaches resulted in identification and quantification of repeats making up 55-83% of the investigated genomes. In turn, this enabled an analysis of how each major repeat type contributed to the genome size variation encounte
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2015
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
PLoS ONE
ISSN
1932-6203
e-ISSN
—
Svazek periodika
10
Číslo periodika v rámci svazku
11
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
23
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000365865300065
EID výsledku v databázi Scopus
—