Genetický polymorfismus uvnitř Leishmania donovani komplexu koreluje s jejich geografickým původem
Popis výsledku
Polymorfismus náhodných sekvencích (RAPD) byl použit k detekci intraspecifické diverzity u L. donovani komplexu. Bylo použito 52 primerů (deseti až jednadvaceti merů), které amplifikovaly náhodné sekvence u 15 kmenů příslušícím k devíti zymodemovým skupinám. Jako outgroup byly použity L. major a L. tropica. Bylo generováno 902 amplikonů, z nichž pouhých 4.3% bylo shodných pro všech 15 kmenů L. donovani komplexu. Byl zkonstruován dobře podpořený fylogenetický strom, který podpořil silnou korelaci mezi genetickým polymorfismem a geografickým původem. L. infantum byla parafyletická u všech použitých algoritmů. MON-30 patří do L. donovani na základě RAPD profilu. A navíc, genetická vzdálenost kmene L. archibaldi a dalších leishmanií nepoukazuje na existencí jednotlivých druhů
Klíčová slova
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Genetic polymorphism within the Leishmania donovani complex: correlation with geographic origin
Popis výsledku v původním jazyce
Random amplified polymorphic DNA (RAPD) was used to detect intraspecific diversity for the Leishmania donovani complex. Fifty-two decameric to 21-meric primers of arbitrary sequence were applied to 15 strains that belong to nine zymodemes. Strains belonging to the species L. major and L. tropica were used as outgroups. A total of 902 amplicons generated by RAPD were scored. Most primers produced species-specific profiles, only 0.6% amplicons were shared by all species, while 4.3% amplicons were common for all 15 strains of the L. donovani complex. Well-supported trees have been constructed, which show a rather strong correlation between the genetic polymorphism of studied strains and their geographic origin. In all obtained trees, L. infantum was paraphyletic. The RAPD profiles suggest that MON-30 belongs to L. donovani. Moreover, the genetic distance between the L. archibaldi strain and other leishmanias does not warrant existence of a separate species
Název v anglickém jazyce
Genetic polymorphism within the Leishmania donovani complex: correlation with geographic origin
Popis výsledku anglicky
Random amplified polymorphic DNA (RAPD) was used to detect intraspecific diversity for the Leishmania donovani complex. Fifty-two decameric to 21-meric primers of arbitrary sequence were applied to 15 strains that belong to nine zymodemes. Strains belonging to the species L. major and L. tropica were used as outgroups. A total of 902 amplicons generated by RAPD were scored. Most primers produced species-specific profiles, only 0.6% amplicons were shared by all species, while 4.3% amplicons were common for all 15 strains of the L. donovani complex. Well-supported trees have been constructed, which show a rather strong correlation between the genetic polymorphism of studied strains and their geographic origin. In all obtained trees, L. infantum was paraphyletic. The RAPD profiles suggest that MON-30 belongs to L. donovani. Moreover, the genetic distance between the L. archibaldi strain and other leishmanias does not warrant existence of a separate species
Klasifikace
Druh
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2004
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
American Journal of Tropical Medicine and Hygiene
ISSN
0002-9637
e-ISSN
—
Svazek periodika
70
Číslo periodika v rámci svazku
6
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
5
Strana od-do
613-617
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—
Základní informace
Druh výsledku
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP
EB - Genetika a molekulární biologie
Rok uplatnění
2004